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> 판례,사례등 > 감면(지방세특례제한법)
  청구법인이 100% 자회사인 쟁점법인을 흡수합병한 후 쟁점법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하였다고 보아 합병시 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
관리자 2022-12-07 오전 10:10:56   조회:117
[결정요지]
쟁점주식은 지배목적으로 보유하는 주식으로서 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항의 승계한 고정자산가액에 포함하여 처분비율을 산정하는 것이 타당한 한편, 청구법인은 쟁점법인을 흡수합병하면서 쟁점1공장, 쟁점2공장 및 쟁점주식 등을 양수하여 취득한 후, 그 합병등기일부터 3년 이내에 승계한 고정자산가액의 44.1%에 해당하는 쟁점2공장만을 매각하였을 뿐 나머지는 승계한 사업에 계속 사용하는 것으로 보이는바, 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생했다고 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.
관련법령: 지방세특례제한법 제57조의2 제1항

[주문]
OOO시장이 2020.7.13. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 1944.10.9. 설립되어 용지 제조업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2018.7.31. 완전자회사(100% 지분)인 AAA주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였다.
 
나. 청구법인은 쟁점합병에 따라 쟁점법인으로부터 양수받은 OOO토지 OOO㎡, 건물 OOO㎡, 가설건축물 OOO㎡(이하 “쟁점1공장”이라 한다) 및 같은 동 OOO토지 OOO㎡, 건물 OOO㎡(이하 “쟁점2공장”이라 한다)에 대한 취득세 등을 2018.8.27. 및 2018.9.17. 각각 신고하면서, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에 따라 취득세 OOO원을 면제받았다.
 
다. 처분청은 청구법인이 합병 이후에 쟁점1공장을 쟁점법인으로부터 승계한 사업이 아닌 임대업에 사용하고 있고, 2018.9.27. 쟁점2공장을 주식회사 BBB에 매각하여 「법인세법」제44조의3 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제80조의4 제8항(이하 “쟁점규정”이라 한다)에서 규정하는 사후관리 규정(승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우)을 위반한 것으로 보아, 2020.7.13. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 부과‧고지하였다.
 
라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.8. 심판청구를 제기하였다.
  
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
 가. 청구법인 주장
 (1) 청구법인은 쟁점합병 당시 쟁점법인이 보유하고 있던 투자유가증권(주식회사 CCC 발행주식 OOO주, 주식회사 DDD 발행주식 OOO주) OOO원(이하 “쟁점주식”이라 한다)을 승계하였는데, 쟁점주식은 지배목적으로 보유하고 있는 주식으로서, 쟁점규정의 ‘승계한 고정자산가액’에 이를 포함하여 해석하는 것이 타당하다.
 
   (가) 쟁점규정과 동일한 내용의 분할시 과세특례 규정에 대하여 대법원은, ‘분할신설법인이 분할법인으로부터 지배목적으로 보유하는 주식과 그와 관련한 자산ㆍ부채로 구성된 사업부문을 적격분할의 요건을 갖추어 승계받은 경우에는, 앞서 본 규정의 문언 내용과 입법 취지, 그리고 지배목적으로 보유하는 주식은 기업지배라는 사업의 성격상 그 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되는 것이므로 매각에 의한 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과는 그 목적과 기능에 있어서 구별되는 점, 지배목적 보유 주식으로 구성된 사업부문의 경우에 유형자산 외에 당초 승계받은 주식의 대부분을 매각한 때에도 그 사업의 계속성과 연속성을 부정하는 것이 타당한 점 등을 종합하여 볼 때, 그 사후관리를 위하여 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단함에 있어서 지배목적 보유 주식의 가액을 분할법인으로부터 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하여야 한다’라고 판시한 바 있다.
 
   (나) 또한, 국세청은 ‘「법인세법 시행령」 제80조의4 제8항의 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액은 합병등기일 현재의 세무상 장부가액을 말하는 것’이라고 회신한 바 있고, ‘내국법인이 적격합병으로 피합병법인으로부터 승계한 지분법적용 투자주식이 일반적인 투자주식과는 달리 기업지배라는 사업의 성격상 그 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되어 지배목적으로 보유하는 주식인 경우에는 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항의 피합병법인으로부터 승계한 고정자산에 해당하는 것이나, 이에 해당하는지는 동 주식의 보유목적, 사업의 계속성 여부 등을 고려하여 사실판단할 사항’이라고 회신한 바 있으며, ‘내국법인이 지주회사를 적격합병함으로써 피합병법인이 보유하고 있던 매도가능증권 및 지분법적용 투자주식을 승계한 경우 해당 매도가능증권 및 지분법적용 투자주식은 피합병법인으로부터 승계한 고정자산에 해당하는 것’이라고 회신한 바도 있다.
 
   (다) 한편, 「법인세법 시행령」 제80조의4 제8항 단서에서 ‘피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속한 것으로 본다’고 규정하고 있는바, 피합병법인으로부터 승계한 주식도 원칙적으로 ‘고정자산’에 해당하는 것을 전제로 하여 규정되어 있다.
 
   (라)‘지배목적 보유 주식’이란 지배주주 등(법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 1% 이상을 소유하는 주주와 그 특수관계인이 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주 등 중 가장 많은 자)으로서 3년 이상 보유한 주식 또는 출자지분을 말하는바(「법인세법 시행규칙」 제41조 제3항, 같은 법 시행령 제43조 제7항 및 제87조 제1항 각 호), 청구법인의 사업보고서, 쟁점법인, 주식회사 DDD, 주식회사 CCC의 감사보고서를 종합하여 보면, 쟁점법인은 청구법인의 특수관계인에 해당하는 지배주주 등으로서 CCC과 DDD의 주식을 3년 이상 보유한 사실이 확인된다.
  따라서, 쟁점주식은 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과 그 목적과 기능이 명백히 구분되는바, 쟁점법인이 지배목적으로 보유하고 있었던 쟁점주식을 ‘피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액’의 범위에 포함시키는 것이 타당하다.
 
  (2)쟁점법인은 쟁점합병 전 주된 사업으로 플랜트사업 및 청구법인의 제지설비 유지보수 보전사업 등을 영위하다가, 플랜트사업의 경기악화로 새로운 사업수익을 창출하기 위하여 2017.3.28. 부동산임대업을 법인등기부상 목적사업에 추가한 후, 2018.7.1. 쟁점1공장의 임대를 시작하였고, 청구법인은 2018.7.31. 쟁점합병으로 쟁점1공장을 그대로 승계하였던바, 청구법인은 쟁점합병 이후에 쟁점법인의 임대차계약을 승계하여 임대업을 유지하고 있으므로 쟁점1공장을 승계사업에 계속 사용하고 있다고 보아야 한다.
 
   (가)「상법」제235조에 따르면 합병법인은 피합병법인의 모든 권리‧의무를 포괄적으로 승계하므로, 피합병법인이 합병 전 1년 미만을 영위한 사업 역시 1년 이상을 영위한 사업과 함께 합병법인에 포괄적으로 승계됨이 명백한바, 피합병법인이 쟁점합병 전 부동산임대업을 1년 이상 영위하지 않았다 하더라도, 피합병법인으로부터 승계한 사업으로 보는 것이 타당하다.
 
   (나)피합병법인이 합병 전 다수 업종의 사업을 영위하였던 경우에 승계사업 폐지 여부를 판단하는 기준에 관하여, 「법인세법 시행령」(2010.6.8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것) 제80조 제3항 후단에서 “승계받은 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며”라고 규정하여 승계사업의 폐지 여부를 각 사업별로 판단하도록 규정하고 있다가, 이후 개정된 「법인세법 시행령」제80조의4 제6항에서는 위 후단 규정을 삭제하였던바, 이에 따라 2010.7.1. 이후에 최초로 합병하는 분부터는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업 전체를 기준으로 승계사업의 폐지 여부를 판단하는 것으로 개정되었다.
  따라서, 청구법인이 쟁점1공장을 주된 승계사업인 보전사업 뿐만 아니라 부동산임대업에 사용한다 하더라도 승계사업을 폐지하는 경우라고 할 수 없다.
 
  (3)또한,「법인세법」제44조의3 제5항에서 쟁점합병과 같이 완전자회사를 흡수합병하는 적격합병의 경우 사후관리 규정인 쟁점규정을 적용하지 않도록 규정하고 있는바, 이 건과 동일한 사실관계에 대하여 법인세는 적격합병의 사후관리 규정을 위반한 것으로 보아 경정한 사실이 없다.
 
  (4) 이를 종합하면, 청구법인은 쟁점법인으로부터 승계한 ‘고정자산가액’의 OOO%를 매각한 것에 불과하므로 청구법인이 쟁점규정을 위반한 것으로 보아 기 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.
 
나. 처분청 의견
 
  (1) 청구법인은 쟁점주식이 ‘지배목적 보유 주식’에 해당하므로 ‘피합병법인으로부터 승계받은 고정자산가액’에 이를 포함하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 쟁점법인의 보유 투자유가증권 내역 및 거래처원장만으로는 그 사실관계를 파악할 수 없으므로 청구주장을 받아들일 수 없다할 것이다.
 
  (2) 청구법인은 쟁점법인으로부터 승계받은 쟁점1공장을 청구법인과 쟁점법인의 법인등기부상 목적사업인 부동산임대업에 사용하고 있으므로 이는 쟁점법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 사업을 영위한다는 것은 합병등기일 현재 사실상 사업을 1년 이상 계속하여 영위하는 경우라 할 것인바, 쟁점법인은 2017.3.28. 법인등기부등본상 부동산임대업을 목적사업으로 등재하고 2018.7.1. 1차 임대차 계약 이전까지 부동산임대업을 영위한 사실이 없어 사실상 부동산임대업을 영위하지 않은 채 쟁점합병이 이루어졌다 할 것이다.
  따라서, 쟁점1공장은 쟁점법인이 플랜트사업 등의 주된 사업을 영위하기 위하여 사용하던 공장으로서 청구법인이 쟁점합병으로 이를 승계하여 임대업에 사용하고 있는 이상 쟁점1공장을 승계사업에 사용하고 있다고 볼 수 없다.
 
  (3) 청구법인은「법인세법」제44조의3 제5항의 규정도 준용하여 추징 등 사후관리에서 제외되어야 한다고 주장하나, 「지방세특례제한법」제57조의2 제1항에서 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병에 따라 양수하는 재산에 대하여 취득세를 면제하도록 하면서 사후관리 요건으로 「법인세법」제44조의3 제3항 각 호만을 준용하고 있을 뿐 사후관리 제외에 관한 「법인세법」제44조의3 제5항은 준용하지 않는바, 취득세와 법인세는 입법 취지 및 과세주체, 과세대상, 과세내용이 다른 별개의 세목이라는 점에서 명시되지 않은 「법인세법」규정을 준용하여 취득세 등의 추징 제외대상이라고 보기는 어렵다 할 것이다.
 
  (4) 이를 종합하면, 청구법인이 2018.7.31. 쟁점합병에 따라 쟁점1공장과 쟁점2공장을 승계한 후 3년 이내인 2018.9.27. 쟁점2공장을 매각하고, 2019.9.1. 쟁점1공장의 임대차계약을 새롭게 체결한 사실이 확인되는 이상, 이는 청구법인이 쟁점법인으로부터 승계받은 고정자산가액의 2분의 1을 처분하거나 사용하지 아니하는 경우라 할 것이므로 청구법인이 사후관리 규정을 위반한 것으로 보아 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
   
3. 심리 및 판단
 가. 쟁점
  청구법인이 100% 자회사인 쟁점법인을 흡수합병한 후 쟁점법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하였다고 보아 합병시 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부
나. 관련 법령 : <별지> 기재
 
다. 사실관계 및 판단
 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.
 (가) 쟁점법인은 2001.11.16. 철물 및 강구조물 공사업, 기계제작 제조업, 자동차부품 제조 생산업, 기계설비 건설업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2017.3.28. 법인등기부등본상 부동산임대업, 태양광 발전사업, 비계 구조물 해체공사업, 고철비철 수집 판매업을 목적사업으로 추가한 후, 2018.7.1. EEE 주식회사와 임대차계약을 체결하고 쟁점1공장에 대한 임대를 시작하였다.
 
(나) 청구법인이 제출한 폐업신고서에 따르면, 쟁점법인은 2017.6.8. 주된 사업이던 ‘강구조물공사업’ 및 ‘기계설비공사업’의 업종을 폐업신고한 것으로 나타난다.
 
 (다) 청구법인과 그의 100% 자회사인 쟁점법인은 2018.7.31. 다음과 같은 내용의 합병계약을 체결하고, 청구법인은 그 계약에 따라 쟁점법인의 자산, 부채 및 권리‧의무 등을 승계하였다. “계약서 생략”
  
(라) 청구법인은 쟁점합병 이후인 2018.9.1. FFF 주식회사, EEE 주식회사, GGG 주식회사를 임차인으로 하여 쟁점1공장에 대한 임대차계약을 새롭게 체결하였다.
 
  (마) 청구법인은 2018.9.27. 쟁점합병으로 승계받은 쟁점2공장을 주식회사 BBB에 매각하였다.
 
   (바) 청구법인이 제시한 쟁점합병 당시 쟁점법인으로부터 승계한 자산의 세무상 장부가액은 다음과 같이 나타난다. “생략”
  
  (사) 2017.12.31. 기준으로 작성된 청구법인의 2017사업연도 사업보고서에 따르면, 다음과 같은 청구법인과 그 기업집단에 대한 지배구조의 내용이 나타난다. “생략”
 
  (아) 2014.12.31. 기준으로 작성된 청구법인의 2014사업연도 사업보고서에 따르면, 상기와 같이 청구법인을 지배회사로 하는 기업집단의 지배구조가 동일하게 나타난다.

   (자) 2010.6.8. 개정 전 「법인세법 시행령」제80조 제3항에서, ‘합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 사업용 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계한 해당 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 법 제44조 제1항 제3호에 해당하지 아니하는 것으로 한다. 이 경우 승계받은 사업이 2 이상인 경우에는 각 사업별로 판정하며’라고 규정하고 있다가, 2010.6.8. 개정시 「법인세법 시행령」제80조의4 제6항 규정을 신설하여 그 내용을 이관하면서 그 후단을 삭제하였던바, 이에 대한 개정이유 및 주요내용은 다음과 같이 나타난다. “생략”
  
   (차) 종전에는 「법인세법 시행령」 제80조의2 제7항 및 제80조의4 제8항에서 ‘승계한 고정자산가액’이라는 용어로 관련 내용을 규정하고 있다가, 2019.2.12. 개정시 이를 ‘승계한 자산가액’으로 변경하면서 그 ‘자산가액’에 대한 괄호 규정을 추가하여 ‘유형자산, 무형자산 및 투자자산의 가액을 말한다’고 규정하고 있으며, 이에 대한 구체적인 개정이유 등은 나타나지 아니한다.
 
  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
    처분청은 청구법인이 쟁점법인으로부터 승계받은 쟁점주식은 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항의 ‘승계한 고정자산가액’의 범위에 포함된다고 볼 수 없고, 청구법인이 쟁점합병 이후에 쟁점1공장을 승계받은 사업이 아닌 임대업에 사용하고 있으며, 쟁점2공장은 곧바로 매각하는 등 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 승계받은 사업에 사용하지 아니하였으므로 합병시 감면한 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다는 의견이다.
    그러나, 지배목적으로 보유하는 주식은 기업지배라는 사업의 성격상 그 발행기업의 운영 및 통제에 직접 사용되는 것이라서, 매각에 의한 시세차익을 얻기 위해 보유하는 일반적인 투자주식과는 그 목적과 기능에 있어서 구별되는 것이므로, 승계받은 사업의 폐지 여부를 판단함에 있어서 지배목적 보유 주식의 가액을 승계한 고정자산가액에 포함시켜 판정하는 것이 타당하다 할 것인 점,
 
   청구법인과 쟁점법인, 그리고 쟁점주식의 발행법인은 모두 청구법인을 지배회사로 하는 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 ‘기업집단’에 속하는 상호출자관계의 법인들로서, 쟁점주식은 쟁점법인이 2014년 이전부터 기업집단 내 관계회사를 직‧간접적으로 지배할 목적에 따라 오랫동안 지분변동 없이 보유해 오던 주식이므로 이를 지배목적으로 보유하는 주식이라고 볼 수 있는 점,
   쟁점법인은 2017.3.28. 법인등기부등본상 부동산임대업을 목적사업으로 추가한 후 2018.7.1. 임대차계약을 체결하면서 쟁점1공장에 대한 임대업을 시작하였고, 청구법인은 2018.7.31. 쟁점합병을 통해 그 임대업을 승계하여 2018.9.1. 쟁점1공장에 대한 새로운 임대차계약을 체결하였던바, 쟁점법인이 쟁점1공장의 임대업을 1년 미만만 영위했다 하더라도 그 업종이 승계사업에서 배제되는 업종이 아닌 이상 그러한 사유만으로 승계사업이 아니라고 할 수는 없는 것이고, 청구법인이 쟁점1공장의 임대업을 이어받아 현재까지도 이를 영위하고 있다면 사업의 연속성이 유지되고 있다고 보아야 하는 점 등에 비추어,
    쟁점주식은 지배목적으로 보유하는 주식으로서 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항의 승계한 고정자산가액에 포함하여 처분비율을 산정하는 것이 타당한 한편, 청구법인은 쟁점법인을 흡수합병하면서 쟁점1공장, 쟁점2공장 및 쟁점주식 등을 양수하여 취득한 후, 그 합병등기일부터 3년 이내에 승계한 고정자산가액의 OOO%에 해당하는 쟁점2공장만을 매각하였을 뿐 나머지는 승계한 사업에 계속 사용하는 것으로 보이는바, 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생했다고 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
  
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제6항, 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
 
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272   생애최초 주택 구입에 대한 취득세 감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 기 감면한 취득세를 부과한 처분의 당부 관리자 3
271   쟁점노인복지시설의 설치자와 그 시설의 장이 다르다는 이유로 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부 관리자 8
270   청구인이 이 건 부동산을 노인복지시설의 용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하였다고 보아 면제한 취득세와 재산세를 추징한 처분의 당부 관리자 34
269   (1) 쟁점①부동산은 체육시설, 야외 실험실습장 용도의 토지로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 // (2) 쟁점②부동산은 학생 등을 위한 후생복지시설로서 학교용에 직접 사용하였다는 청구주장의 당부 // (3) 쟁점③부동산은 창업보육센터로서 청구법인 산학협력단이 운영하는 시설이므로 창업보육센터 감면대상이라는 청구주장의 당부 관리자 49
268   청구인이 쟁점주택을 취득한 후 60일 이내에 임대사업자등록을 하지 아니하여 취득세 감면을 배제한 처분의 당부 관리자 93
267   건설임대주택사업자인 청구법인들이 취득한 쟁점토지에 대해 임대사업자등록증상 임대목적물을 쟁점토지 취득일부터 60일 이내에 미기재한 사유로 지특법 제31조 제1항에 따른 감면을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부 관리자 112
266   청구법인이 100% 자회사인 쟁점법인을 흡수합병한 후 쟁점법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하였다고 보아 합병시 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 관리자 117
265   청구법인이 임대할 목적으로 건축주로부터 일괄 취득한 쟁점주택을 「지방세특례제한법」제31조 제1항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우에 해당한다고 보아 취득세 등을 면제(1호, 전용면적 60㎡ 이하) 또는 경감(2호, 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 미만)하여야 한다는 청구주장의 당부 관리자 191
264   토지 수용에 따른 보상금을 수령하기 전에 부동산을 취득한 경우 해당 부동산을 수용에 따른 대체취득 부동산으로 보아 취득세를 면제할 수 있는지 여부 관리자 182
263   ① 농업협동조합 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 // ② 청구법인지 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였는지 여부 관리자 153
 
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