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> 판례,사례등 > 감면(지방세특례제한법)
  ① 농업협동조합 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 // ② 청구법인지 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였는지 여부
관리자 2022-09-20 오전 10:27:59   조회:58
[결정요지]
청구법인은 2019.5.30. 쟁점토지를 취득하고 그로부터 1년 5개월이 경과한 2020.10.19. 쟁점유통센터용 건축물의 건축공사에 착공한 후 2021.12.21. 건축물의 사용승인을 받아 취득하였으나, 위 사실관계 (표1)에서 나타나는 바와 같이 청구법인에게는 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 쟁점유통센터용 건축물의 신축을 위한 진지한 노력을 다하여 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

관련법령 : 지방세특례제한법 제14조

[주문]
OOO군수가 2020.10.23. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이유]
1. 처분개요
 가. 청구법인은 2019.5.30. OOO토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후,「지방세특례제한법」제14조 제3항에 따른 OOO이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 OOO원을 과세표준으로 하고 100분의 85 감면율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
 
나. 청구법인은 쟁점토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 OOO센터용 건축물(이하 “쟁점유통센터”라 한다)의 착공이 이루어지지 아니하자 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2020.7.30. 당초 감면받은 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 신고한 후, 2020.8.19. 쟁점세액에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.10.23. 이를 거부하였다.
 
다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.19. 이의신청을 거쳐 2021.6.21. 심판청구를 제기하였다.
 
 
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
 가. 청구법인 주장
   (1) 청구법인은 쟁점토지를 ‘고유목적’으로 ‘직접 사용’하였다.
   「지방세특례제한법」제2조 제1항 제1호는 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 고유업무라고 규정하고 있는바, 지역OOO인 청구법인이「OOO법」에서 개별적으로 규정하고 있는 업무 또는 그 법인등기부에서 정하는 목적사업의 범위 내에서 쟁점토지를 사용하였다면, 동법상의 ‘고유목적’으로 사용한 것으로 보아야 한다.
  먼저, ‘개별법령’에서 규정한 업무에 따라 사용하였는지를 살펴보면,「OOO법」제57조 제1항 제2호에서는 다음의 각목의 사업을 지역OOO의 경제사업으로 규정하고 있다.
  청구법인은 쟁점유통센터의 설립을 위하여 쟁점토지를 매입하였는데, 쟁점유통센터의 착공 전 인·허가절차 진행에 소요되는 기간에 청구법인이 선제적으로 쟁점토지를 농산물집하장 및 농산물기계보관소로 사용한 것은「OOO법」제57조 제1항 제2호 가목 내지 라목에 해당하는 경제사업에 전용한 것으로, 청구법인의 고유목적에 사용한 것에 해당한다.
 
   다음으로, 청구법인의 ‘법인등기부’에는 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며 조합원이 필요로 하는 기술, 자금, 자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적, 사회적, 문화적 지위를 향상시킴을 목적으로 한다고 규정하고 있으므로, 청구법인이 농산물 집하장 및 농산물 기계 보관장소로 쟁점토지를 사용한 것은 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무를 수행하였다고 볼 수 있다.
    이러한 내용은 법인등기부의 내용을 구체화한 정관에서도 확인할 수 있고, 또한 청구법인은 조합원들로부터 보관장소 이용료를 실제 수수하면서 이를 ‘경제사업 영업수익’으로 회계처리하였다.
   「지방세특례제한법」제13조 제3항은 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산이라고만 규정하고 있을 뿐, 그 부지를 취득하려고 했던 토지 사용 용도의 원인을 취득세 면제 조건으로 규정하고 있지 않다.
    따라서 청구법인이 쟁점토지를 취득하려고 하였던 현실적 원인이 쟁점유통센터의 사업부지 전용에 있다고 하더라도, 그 착공 이전에 청구법인이 쟁점토지를 그 고유사업(농산물 집하장 및 농산물 기계 보관 장소)에 현실적으로 사용하였던 이상, 고유목적에 직접 사용한 것이라고 보아야 한다.
 
  (2) 설령 고유목적에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 하더라도, 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 ‘정당한 사유’가 존재한다.
    부동산 취득에 따른 사용용도 및 이에 터잡아 건축되는 건축물의 특성에 대한 이해와 구분 없이, 법률에서 규정한 1년이라는 기간을 일률적으로 적용할 경우 매우 불합리한 결과에 이를 수 있다.
    예를 들어 자그마한 창고를 짓는 경우와 거대한 대형물류센터를 짓는 경우를 모두 동일한 것으로 취급할 수는 없음은 분명하다.
    즉 후자의 경우 건축과정에서 상당한 시간이 소요됨에도 불구하고 감면받은 취득세를 추징당하는 상황에 쉽게 놓이게 되는 불합리 내지 불평등이 초래될 수 있으므로, 토지 취득에 따라 사용하려는 개별 건축물에 대한 준비기간 및 그 과정에 나타난 특별한 사정은 반드시 고려되어야 한다.
 
   (가) 대형물류센터와 유사한 쟁점유통센터의 경우 쟁점토지를 매입하여 준공까지의 모든 절차를 1년 이내에 완료하여 사용하기가 현실적으로 어렵다.
     쟁점유통센터는 농산물의 집하·선별·세척·포장·예냉·저장에 관한 상품화 기능을 수행하고, 대형 유통업체나 도매 시장에 판매기능을 수행하는 산지 유통의 핵심시설로서 대형물류센터와 비슷한 개념으로 볼 수 있다.
     따라서 지역농협이 속하는 인근지역에서 생산된 농산물의 출하를 위하여 생산 및 수확된 농산물들을 집결시키고, 이에 대한 상·하차 작업을 위하여는 기본적으로 큰 부지와 건물이 필요하다.
     청구법인도 이와 같은 규모의 쟁점유통센터를 짓기 위하여 OOO㎡에 이르는 쟁점토지를 매입하였던바, 쟁점유통센터는 단순한 창고 개념이 아닌 복합대형물류센터로서 건축에 필요한 기초 작업에 상당한 시간이 소요된다.
     여기에 건축공사 이외에 인접 도로공사 등 부수적인 절차까지 진행되는 점을 감안하면, 1년이라는 기간 내에 쟁점유통센터를 준공하기란 현실적으로 거의 불가능하다.
 
   (나) 청구법인은 사업비보조금 승인절차를 단축시키기 위한 노력도 병행하였다.
     청구법인은 영세한 농민들의 출자금으로 결성된 지역OOO으로서 쟁점유통센터를 온전히 자기 자본으로 하여 건설하는 것 자체가 현실적으로 어려웠다.
     이에 청구법인은「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」제51조 및 제57조에 따른 절차를 준수하여 보조금을 지급받기 위해 쟁점토지 취득 이전부터 사전작업을 오랫동안 준비하였다.
     이러한 노력으로 인해 청구법인은 처분청을 상대로 쟁점유통센터 건립에 따른 사업비보조금을 교부신청하여 다음 날 바로 교부를 받을 수 있었다.
 
   (다) 쟁점유통센터 건축 인·허가 절차 및 이해관계자와 교섭절차를 진행하는 과정은 어려웠고, 특히 이 건의 경우 대토작업 및 구조변경 설계라는 외부적 사정으로 인하여 그 절차가 지연될 수밖에 없었다.
     처분청의 보조금 교부 이후에도 쟁점유통센터 설립를 위해서는 사업부지 변경에 따른 변경승인 요청, 건축허가 신청, 구조안전심의 신청, 건축 설계용역 등 무수한 행정절차가 예정되어 있었다.
     그리고 이 건은 실제 허가가 나기 이전의 외부적 사정으로서 처분청과의 대토작업이 있었고, 나아가 처분청의 권고에 따른 쟁점유통센터의 구조변경으로 인해 해당 업체와의 추가논의 및 기존 신청 내용을 변경하는 과정 등이 부가되면서 통상적인 OOO유통센터 건축 인·허가절차보다 더 많은 시간이 필요하였다.
     구체적으로 살펴보면, 대토작업에 직접적으로 소요된 2개월 및 구조변경설계에 직접적으로 소요된 3개월의 시간만 해도 무려 5개월인데, 그 과정에서 이해관계가 얽혀있는 처분청, 각종 관리·감독기관, 용역업체 등과의 협의 과정이 부득이 추가되면서, 청구법인은 1년 내에 쟁점유통센터를 준공할 수가 없었다.
 
나. 처분청 의견
  (1)청구법인은 쟁점토지를 취득한 날부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다.
    청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 일련의 과정을 거쳐 건축허가를 받아 공사에 착공한 사실을 볼 때, 쟁점토지 취득의 주된 목적은 고객들의 농산물집하장 및 농기계 보관장소 용도가 아니라, 쟁점유통센터를 신축하여 사용하고자 하는데 있다.
    설령 청구법인이 쟁점토지를 농산물집하장 및 농기계 보관장소로 일시 사용하였다고 하더라도 이는 처음부터 영구적으로 사용하고자 하는 것이 아니라 건축물의 착공이 지연되는 동안 임시적·잠정적으로 사용한 것에 불과하다 할 것이다.
    따라서 청구법인이 쟁점토지를 감면유예기간 내에 농산물집하장 및 농기계 보관장소로 사용하였다고 하더라도, 이를 청구법인의 고유 업무에 직접 사용한 것으로 보기에는 무리가 있으므로, 처분청에서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
 
  (2) 청구법인이 쟁점토지를 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 ‘정당한 사유’가 없다.
   「지방세특례제한법」제178조 제1항에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유’라 함은 그 취득 토지를 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지‧제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나, 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 뜻한다.
    청구법인의 경우 쟁점토지 취득 후 일련의 절차를 거쳐 고유 목적 사업에 사용하였어야 함에도, 행정관청의 사용금지‧제한 등 외부적인 사유가 아닌 특수구조 설계변경으로 인하여 착공이 지연된 사실, 취득일로부터 10개월이 경과된 후에야 건축 허가를 취득한 사실이 확인된다.
    따라서 청구법인에게는 쟁점토지를 취득한 이후 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도, 감면유예기간을 넘긴 정당한 사유가 존재한다고 보기는 어렵다.
 
 3. 심리 및 판단
 가. 쟁 점
   ① OOO 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부
   ② 청구법인이 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였는지 여부
 
나. 관련 법률 “별지 기재”
   
다. 사실관계 및 판단
   (1) 청구법인은 OOO에 사업장을 두고 있는「OOO법」에서 규정하는 OOO이다.
   (2) 청구법인은 쟁점유통센터의 설립을 위하여 아래 <표1>과 같이 일정을 진행하였고, 그 일정별 개요는 (가)∼(카)와 같다.
    (가) 청구법인이 쟁점유통센터의 설립을 위하여 당초 처분청으로부터 승인받은 사업부지는 OOO필지였으나, 2019.5.14. 매매계약 목적물이 쟁점토지로 확정되자, 청구법인은 2019.5.24. 사업부지 변경을 요청하였고, 처분청은 2019.7.5. 이를 승인하였다.
 
   (나) 청구법인은 쟁점유통센터 착공시점까지 농산물집하장 및 농기계 보관장소 등으로 최대한 활용하기 위한 목적으로 2019.7.22.부터 2019.7.23.까지 쟁점유통센터 진입로 공사 및 석분 평탄화 작업을 하였고, 해당 공사비용 OOO원은 ‘건설중인자산’으로 회계처리하여 계상하였으며, 이후 실제 농산물집하장 등으로 사용하였다.
 
   (다) 청구법인은 위 (가) 사업부지 변경승인에 따라 쟁점유통센터 설계에 대한 검토를 수행한 결과, 2019.7.24. 아래 <표2>와 같이 처분청에 대토를 요청하였고, 처분청은 2019.7.29. 이를 승인하였다.
 
   (라) 청구법인은 2019.8.29. 쟁점유통센터 신축공사와 관련된 설계용역에 대한 입찰공고를 내고, 2019.9.4. ㈜AAA를 낙찰자로 선정하였고, 2019.11.12. 위 (다) 대토승인에 따라 처분청과 토지 교환계약을 체결하였다.
 
   (마) 청구법인은 2020.3.4. 처분청에 건축허가를 신청하여 2020.4.3. 건축허가를 받았다.
 
   (바) 처분청은 2020.4.14. 청구법인이 제출한 실시설계도서 검토 결과, 당초 실시설계도서에 따른 건물 구조가 쟁점유통센터로 사용하기에 부적합하고 사업효과를 저하할 우려가 있다는 점을 들어 설계변경의견을 청구법인에게 제시하였다.
 
   (사) 청구법인은 실시설계도서에 대한 자체 검토 결과, 처분청의 의견이 타당하다고 판단하고, 2020.6.1. 설계변경 및 특수구조 심의를 진행하기 위해 ㈜AAA에 쟁점유통센터 구조변경 설계용역계약을 체결하였고, 2020.6.18. 처분청 건축위원회에 구조안전심의를 신청하였다.
 
   (아) 청구법인은 2020.7.31. 위 (사) 구조변경설계용역이 완료되자, 2020.8.6. 처분청에 구조변경에 따른 실시설계변경에 대한 승인을 요청하였고, 처분청은 2020.8.11. 이를 승인하였다.
 
   (자) 이에 청구법인은 2020.8.21. 건축 및 기계설비, 전기, 소방, 통신, 냉장설비, 감리용역에 관한 입찰공고를 내고, 아래 <표3>과 같이 각 공정별 용역업체와 사이에 용역공급계약을 체결하였다.

   (차) 청구법인은 2020.10.19. 착공을 신고하였고, 처분청은 같은 날 「건축법 시행규칙」제14조에 따른 착공신고필증을 교부하였다.
 
   (카) 쟁점유통센터는 2021.12.21. 건축물 사용승인을 받았다.
 
  (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.
    (가)「지방세특례제한법」제14조 제3항은 “「OOO법」에 따라 설립된 조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산은 취득세를 면제한다”고 규정하면서, 같은 법 제178조 본문 및 제1호에서는 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는바, 이 때 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.
   
(나) 청구법인은 2019.5.30. 쟁점토지를 취득하고 그로부터 1년 5개월이 경과한 2020.10.19. 쟁점유통센터용 건축물의 건축공사에 착공한 후 2021.12.21. 건축물의 사용승인을 받아 취득하였으나, 위 사실관계 <표1>에서 나타나는 바와 같이 청구법인에게는 쟁점토지를 취득한 후 1년 이내에 쟁점유통센터용 건축물의 신축을 위한 진지한 노력을 다하여 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
 
  (4) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.
 
 4. 결 론
   이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
 
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