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  산업단지내 토지를 취득한 후 일부 토지상에 공장을 신축하였으나 일부가 나대지 상태인 경우 당해 나대지 부분이 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부
관리자 2022-08-25 오후 4:22:11   조회:96
[결정요지]
청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로서 공장건축물 뿐만 아니라 주차장 부지, 야외 적치장 등의 공장의 부속용도의 공간이 필요한 업종에 해당된다고 볼 수 있는 점, 1필지의 공장용지인 이 건 토지를 취득하여 일부는 공장의 신축부지로 사용하는 등 유예기간 이내에 상당부분의 토지를 공장용지로 사용하고 있는 점, 이 건 토지가 1필지의 토지로서 건축물대장에서 모두 그 지상의 신축공장의 부속토지로 등재되어 있는 점, 이 건 토지가 공장입지기준면적 이내의 토지인 점 등을 종합하면, 청구법인이 이 건 토지 상에 일부에 공장을 신축하고 나머지를 나대지 상태로 보유하고 있다 하더라도 이러한 여유공간이 언제든지 부속토지의 용도로 사용할 수 있는 토지에 해당되는 것으로 보이고, 이를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지를 보유한 것으로 보기는 어렵다 할 것임
[관련법령] 지방세특례제한법 제78조 제4항

[주 문]
OOO군수가 2021.4.1. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 부과처분과 2017년〜2020년도 토지분 재산세 등 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2017.4.17. OOO국가산업단지 내의 토지인 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 취득신고를 하면서「지방세특례제한법」(2017. 12. 26. 법률 제15295호로 개정되기 전의 것, 이하 “지특법”이라 한다) 제78조에 따라 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 지방세 감면신청을 하여 그 취득가액 OOO원에「지방세법」제11조 제1항 제7호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 면제받고, 취득세 감면분 농어촌특별세 OOO원을 처분청에 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2021.2.8. 이 건 토지에 대한 현장조사를 실시한 결과 청구법인이 이 건 토지 OOO㎡ 중 일부는 건축물을 신축하여 직접 사용 중이지만, 일부 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 나대지 상태이므로 유예기간 내에 취득목적대로 직접 사용하지 아니하여 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 보아, 이 건 토지의 취득가액에 쟁점토지의 면적비율을 곱하여 산정한 금액 OOO원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제11조의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(지방교육세 및 가산세 포함)과 2017년〜2020년까지의 감면분 재산세 등 OOO원을 2021.4.1. 청구법인에게 부과·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.6.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장

(1) 이 건 토지는 하나의 필지로서 동일한 출입문을 이용하고 있는 공장용지이고, 처분청은 청구법인이 이 건 토지상에 건축한 공장의 면적에 비추어 이 건 토지는 전부 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당되어 재산세 부과시 분리과세대상으로 구분되어 과세하여 왔으므로 이 건 토지 전체가 지특법 제78조의 감면대상에 해당하고 이 건 토지 중 쟁점토지상에 건축물이 신축되지 아니한 상태에 있다 하더라도 이 부분을 추징대상으로 볼 수 없다 할 것이다.

(2) 또한, 청구법인은 쟁점토지 위에 별도의 시설설치가 필요하지 않은 주차장, 옥외체육시설, 야적장 등의 부대시설로 이용해 오고 있었으므로 쟁점토지도「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따라 공장제조시설 면적에 포함되는 것으로 해석해야 할 것으로서, 처분청이 쟁점토지를 취득목적대로 사용하지 않았다는 이유로 추징한 것은 공장의 범위에 대한 오해가 있다고 할 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견
(1) 지특법 제78조 제4항 제1호 및 제2호에 의하면 산업단지에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감하고, 해당 부동산에 대한 해당 납세의무자가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않을 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세와 재산세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 위 규정에서 해당 용도로 직접 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용되는 것을 의미하고, 그 사용의 범위는 당해 목적사업과 취득 목적을 고려하여 그 실제의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되어야 하고, 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이라 할 것이다.

(3) 청구법인인 쟁점토지가 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당되므로 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당되지 아니한다고 주장하나,
「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제8조 및 공지입지기준고시 제3조 제1항에 따른 기준공장면적률 이내라도 이는 공장의 원활한 설립을 지원하기 위하여 공장입지의 기준을 규정한 것에 불과하다 할 것이므로, 취득세를 감면받은 토지가 공장용지로서 하나의 울타리로 둘러싸여 있으며 하나의 출입문을 가지고 있는 공장의 경계구역 안에 있는 토지로서, 비록 재산세 분리과세 또는 공장입지기준고시의 공장용 기준면적 이내라고 하더라도 취득세 감면 유예기간 3년이 지난 이후인 2021.2.8. 현장 조사일에 수풀이 우거져 있는 등 나대지 상태로 계속 방치되고 있다면, 이는 당해 공장용 건축물의 효용과 편익을 위해 직접 사용된다고 보기에는 무리가 있어 추징대상에 해당된다 할 것이다.

(4) 또한, 청구법인은 쟁점토지의 일부 지하에 공장 배수설비가 설치되어 공장 건축물의 부속 설비로 사용하고 있으며 차후 공장 증축될 부분도 주차장으로 사용하고 다른 부분은 종업원을 위한 체육기구 설치와 녹지 조성 등 종업원 복리 후생시설로 사용되고 있다고 주장하고 있으나,
2020.10.24. 촬영한 항공사진을 보면 이 건 토지를 취득한 후 3년이 경과한 시점에 쟁점토지는 나대지 상태로 계속 방치되고 있고, 처분청이 2021.2.8. 촬영한 사진에서도 쟁점토지에 마른 잡초가 무성하게 자라 있는 사실을 볼 때 청구법인이 일시적으로 옥외체육시설, 주차장, 야적장으로 사용하였다 하더라도 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.
따라서, 청구법인이 쟁점토지를 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 처분청이 감면된 취득세와 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
산업단지내 토지를 취득한 후 일부 토지상에 공장을 신축하였으나 일부가 나대지 상태인 경우 당해 나대지 부분이 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : 별지 기재

다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 2017.4.17. 이 건 토지를 취득하고 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 처분청에 신고하여 취득세 등을 감면받았다.

(나) 청구법인은 2017.5.9. 건축면적 OOO㎡의 공장 건축허가를 받고 2017.6.20. 착공하여 2018.1.23. 사용승인을 받았으며, 2018.3.6. 자동차용 신품 동력전달장치 제조업 외 1종을 업종으로 하여 한국산업단지공단에 공장을 등록하였다.

(다) 처분청 세무공무원이 2021.2.8. 이 건 토지에 출장하여 현장 확인을 한 후 작성한 출장복명서에는, 이 건 토지상에 일부 공장 건물을 신축하였지만 나머지 부분은 직접 사용하지 않고 나대지 상태인 것으로 확인되어 미사용 부분(토지)에 대해서는 과세예고 후 감면받은 취득세 및 재산세를 추징하고자 한다는 내용이 기재되어 있다

(라) 처분청이 제출한 OOO시에서 촬영한 항공사진(① 2018. 11.4. 항공사진, ② 2019.11.14. 항공사진, ③ 2020.10.24. 항공사진)을 보면 쟁점토지에는 어떠한 적치물도 없는 나대지 상태인 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 지특법 제78조 제5항 제1호에서 정당한 사유없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면한 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있고, 위 규정에서의 직접 사용이란 현실적으로 공장의 부속토지 등으로 직접 사용되는 것을 의미한다고 보아야 할 것이며,

(나) 「지방세법 시행령」제102조 제1항에서 분리과세대상 토지의 범위를 정하면서 제1호에서 공장용지의 경우 읍ㆍ면지역이나 산업단지 등의 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적 범위의 토지를 분리과세대상으로 구분하도록 규정하고 있는바, 공장용지 중 분리과세대상이 되는 것은 공장용 건축물의 부속토지라는 요건과 공장입지기준면적 이내의 토지라는 두 가지 요건을 모두 충족하여야 할 것이다.

(다) 이 건의 경우 처분청은 이 건 토지가 1필지의 토지이고 공장입지기준면적 이내의 토지라 하더라도 청구법인이 나대지로 방치하고 있는 토지의 경우에는 공장으로 직접 사용한 경우에 해당되는 것으로 볼 수 없다는 의견이고, 청구법인은 공장입지기준면적 이내의 토지이므로 이를 모두 공장용으로 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 주장하고 있다.

(라) 지특법 제78조 제5항 제1호에서 유예기간 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우에 추징하고 있는데, 공장의 부속토지로 직접 사용하였는지 여부를 판단함에 있어서 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당하는 경우에는 이를 모두 공장의 부속토지로 직접 사용한 것으로 볼 법률상의 근거는 없다 하겠으므로 청구주장과 같이 단순히 공장입지기준면적 이내의 토지에 해당된다는 사유만으로 나대지 상태의 토지를 공장으로 직접 사용하는 것으로 해석하기는 어렵다 할 것이다.

(마) 또한, 처분청 의견과 같이 1필지의 토지 중 일부를 건축부지 등으로 사용하였으나, 일부가 나대지라는 사유만으로 이러한 토지가 공장의 운영과 아무 관련없는 토지에 해당된다고 단정하기도 어렵다 할 것이므로, 청구법인이 공장용지로 이 건 토지를 확보하게 된 경위, 공장의 건축면적, 영위하는 업종에 비추어 효율적인 공장의 운영을 위하여 필요한 공장용지의 범위, 재산세를 과세함에 있어서 공장입지기준면적 이내의 토지를 분리과세하는 입법취지 등을 종합적으로 고려하여, 쟁점토지가 공장의 부속토지 등으로 공장용지의 취득목적에 비추어 직접 사용하고 있는지 여부를 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다.

(바) 처분청은 이 건 토지 면적 OOO㎡ 중 신축한 공장의 건축면적과 진출입로, 주차장부지 등으로 사용하는 면적을 제외하고, 나대지로 방치되어 있는 면적 OOO㎡를 추징대상 면적으로 산정하였는데, 증빙으로 제출된 항공사진 등에서 이 건 토지 중 일부에 공장을 신축하고 일부는 진출입로 및 주차장 등으로 사용하고 있으나 쟁점토지는 나대지 상태인 것으로 확인된다.

(사) 청구법인은 제조업을 영위하는 법인으로서 공장건축물 뿐만 아니라 주차장 부지, 야외 적치장 등의 공장의 부속용도의 공간이 필요한 업종에 해당된다고 볼 수 있는 점, 1필지의 공장용지인 이 건 토지를 취득하여 일부는 공장의 신축부지로 사용하는 등 유예기간 이내에 상당부분의 토지를 공장용지로 사용하고 있는 점, 이 건 토지가 1필지의 토지로서 건축물대장에서 모두 그 지상의 신축공장의 부속토지로 등재되어 있는 점, 쟁점토지가 공장입지기준면적 이내의 토지인 점 등을 종합하면, 청구법인이 이 건 토지 상에 일부에 공장을 신축하고 나머지를 나대지 상태로 보유하고 있다 하더라도 이러한 여유공간이 언제든지 부속토지의 용도로 사용할 수 있는 토지에 해당되는 것으로 보이고, 이를 공장의 효율적인 운영과 전혀 관련이 없는 나대지를 보유한 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.

(아) 따라서, 처분청이 쟁점토지를 유예기간 이내에 공장용으로 직접 사용하지 아니한 토지에 해당되는 것으로 보아 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.
 
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268   청구인이 쟁점주택을 취득한 후 60일 이내에 임대사업자등록을 하지 아니하여 취득세 감면을 배제한 처분의 당부 관리자 0
267   건설임대주택사업자인 청구법인들이 취득한 쟁점토지에 대해 임대사업자등록증상 임대목적물을 쟁점토지 취득일부터 60일 이내에 미기재한 사유로 지특법 제31조 제1항에 따른 감면을 배제한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부 관리자 0
266   청구법인이 100% 자회사인 쟁점법인을 흡수합병한 후 쟁점법인으로부터 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하였다고 보아 합병시 감면한 취득세 등을 추징한 처분의 당부 관리자 1
265   청구법인이 임대할 목적으로 건축주로부터 일괄 취득한 쟁점주택을 「지방세특례제한법」제31조 제1항의 건축주로부터 최초로 분양받은 경우에 해당한다고 보아 취득세 등을 면제(1호, 전용면적 60㎡ 이하) 또는 경감(2호, 전용면적 60㎡ 초과 85㎡ 미만)하여야 한다는 청구주장의 당부 관리자 63
264   토지 수용에 따른 보상금을 수령하기 전에 부동산을 취득한 경우 해당 부동산을 수용에 따른 대체취득 부동산으로 보아 취득세를 면제할 수 있는지 여부 관리자 74
263   ① 농업협동조합 감면부동산을 유예기간 내에 해당 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부 // ② 청구법인지 쟁점토지를 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하였는지 여부 관리자 57
262   ① 이 건 공동주택에 대하여「구 지특법」제74조 제3항 제2호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 // ② 쟁점토지에 대하여「구 지특법」제74조 제3항 제1호를 적용하여 취득세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 관리자 64
261   쟁점부동산이 「지방세특례제한법」 제58조의3 제1항에서 규정하는 창업중소기업에 대한 취득세 감면대상에 해당하는지 여부 관리자 112
260   쟁점부동산을 취득한 후 임시주차장으로 사용하다가 3년이 경과한 후 종교시설을 착공한 경우 취득세 추징 대상에 해당하는지 여부 관리자 95
259   산업단지내 토지를 취득한 후 일부 토지상에 공장을 신축하였으나 일부가 나대지 상태인 경우 당해 나대지 부분이 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당하는지 여부 관리자 96
 
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