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[결정요지]
① 청구법인은 2018.9.4. 이 건 토지의 잔금을 지급하였고, 이 건 토지의 매매계약서 제3조에 의하면, “이 건 토지를 소유권이전 후에 사용수익할 수 있으나, 잔금을 지급 완료하는 경우에 대하여는 토지 사용승낙을 얻어 사용할 수 있었다”는 내용이 기재되어 있으며, 제0산업단지가 조성되어 도로가 개통한 날이 2020년도 6월인지도 불분명할 뿐만 아니라, 그 날을 취득시기로 볼만한 법령이 있지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨.
② 청구법인은 이 건 토지에 대한 선납할인을 받기 위하여 소유권이전등기일(2019.6.13.)보나 1년 빠르게 잔금을 지급하다 보니 3년 내 준공하지 못하게 되었으나 이 건 토지 취득일부터 3년 내에 착공(2020.11.20.)하며 준공(2022.3.21.) 후 해당 용도로 직접 사용하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 감면유예기간 내 해당 목적에 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 볼 수 있다고 판단됨.
관련법령: 지방세특례제한법 제78조 제4항
[주문]
OOO이 2022.1.26. 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분을 취소한다.
[이유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 5년 연부(2017년도 9월 ~ 2022년 9월)로 매매계약을 체결한 후, 2018.9.4. 마지막 잔금을 지급하였고, 2018.2.27. ~ 2018.10.30. 기간 동안 이 건 토지의 연부 계약에 따른 각 대금 지급에 대하여 취득세를 각 신고·납부하였다.
나. 이후 청구법인은 이 건 토지의 면적 정산으로 인한 대금 조정(일부 금액 환급)을 거쳐 2019.7.17. 이 건 토지의 소유권이전등기를 경료하였고, 2020.10.12. 이 건 토지 위에 건축허가를 득하고 2020.11.20. 착공을 하여 2022.3.21. 4개동 건물 연면적 합계 OOO㎡(이하 “이 건 건물”이라 한다)를 준공하였다.
다. 처분청은 이 건 토지의 잔금지급일(2018.9.4.)을 취득일로 보고, 이날부터 3년이 되는 날인 2021.9.4.까지 건물이 준공되지 아니하여 「지방세특례제한법」(이하 “지특법”이라 한다) 제78조 제5항 제1호에 따라 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면받은 취득세 부족세액에 대하여 2021.9.27. 청구법인에게 취득세 감면 신고ㆍ납부 안내를 하였다.
라. 이에 따라 청구법인은 2021.10.28. 처분청에 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
마. 청구법인은 2021.11.30. 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하여, 이 건 토지의 취득일은 소유권이전등기일(2019.7.19.) 내지 토지사용가능일(2020.6.22.)로 보아야 하므로 이날부터 3년 내 이 건 건축물이 준공되었으므로 취득세 감면을 인정하여야 한다고 하였으나, 처분청은 2022.1.26. 이를 거부하였다.
바. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.13. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) [쟁점①, 주위적 청구] 이 건 토지의 취득시기는 잔금지급일이 아닌 소유권이전등기일 내지 토지사용 가능일(도로 등 조성완료일)로 보아야 한다.
(가) 청구법인은 이 건 토지를 5년간 연부로 취득할 계획이었으나, 선납할인을 받고자 2018.9.4. 잔금을 지급하였던 것이고, 산업단지 내 토지 조성이 2019년도 3월에야 완료되고, 2020.6.22. OOO내 인입도로가 정상 개통되는 등 잔금을 지급한 직후에는 공사를 진행하기 어려운 상황이었다.
(나) 청구법인이 2019.7.17. 이 건 토지의 소유권을 이전받기 전에는 공사 관련 대출이 어려웠고, 현실적으로도 이 건 토지는 소유권 이전이 된 이후에 사용할 수 있었으므로, 한국산업단지 측에서도 이 건 토지의 조성을 늦게 하여 소유권 이전이 늦어진 것이므로 그 귀책사유가 없다고 하기 어렵다.
(다) 이 건 토지의 취득일은 잔금일(2018.9.4.)이 아닌 소유권이전등기일(2019.7.17.) 또는 토지사용가능일(2020.6.22.)로 보아야 하여야 하고 그날부터 3년 내 준공이 된 것이므로 이 건 부과처분은 부당하다.
(2) [쟁점②, 예비적 청구] 이 건 토지의 취득시기를 잔금지급일(2018.9.4.)로 보더라도 다음과 같이 이날부터 3년 내 이 건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 보는 것이 타당하다.
(가)청구법인은 2018.9.4. 이 건 토지의 잔금을 지급한 이후에도 산업단지 토지조성(2019.3.29.), 소유권이전등기(2019.7.17.), 산업단지 내 도로개통(2020.6.22.) 전까지는 이 건 토지를 사실상 사용·수익할 수 없었다.
1) 청구법인은 이 건 토지를 선납 할인받고자 2018.9.4. 잔금을 지급하였던 것인데, OOO산업단지 내 토지(이 건 토지를 포함)는 2019.3.29. OOO의 준공인가 승인이 되어 실질적으로 사용이 가능하였다.
이 건 토지의 산업단지 토지조성완료일이 잔금지급일(2018.9.4.)부터 무려 7개월이 늦어졌으므로 공사 지연에 따른 산업단지 측 책임을 청구법인이 부담하는 것은 부당하다.
2) 청구법인은 2019.7.17. 이 건 토지의 소유권을 이전받기 전에는 공사 관련 대출도 할 수 없어 현실적으로 공사를 진행하기 어려웠다.
3) 청구법인은 2019.7.17. 소유권이전등기를 받은 후 이 건 토지를 사용·수익할 수 있었으나, 2020.6.22. OOO도로가 정상적으로 개통되고, OOO으로부터 안정적인 전기가 인입이 된 후에야 사실상 건축공사(2020년 7월 설계, 2020.11.20. 착공 ~ 2022.3.10. 준공)가 가능하였다.
4) 이 건 토지는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의거 조성·준공된 토지로, 당연히 한국산업단지 측에서는 관계 법령에 따라 이 건 토지의 사용에 상당 부분 제한(사용 제한 및 금지 등)을 했고, 이러한 제한은 ‘외부적인 장애사유’에 해당된다.
(나) 청구법인은 당초 한국산업단지 측으로부터 이 건 토지 지하에 일부 암반이 있을 수 있다는 통지를 받은 바가 있는데, 실제로 2021년도 1월경 천공 작업(지하에 구멍을 뚫는 작업)을 하다가 이 건 토지에 광범위하게 암반이 자리하고 있는 것을 확인한 후 2021년도 6월경까지 암반 제거를 하게 되었다.
위와 같이 예상하지 못한 암반 제거로 인하여 공사 일정이 지연되었다.
(다) 이 건 토지 위에 신축된 OOO공장은 건축물 및 설비 제작을 위한 설계 기간이 장시간 소요(약 6~12개월)되는 특수성을 지니고 있는바, 이는 의약품 제조에 있어 인위적인 과오를 최소화하고, 오염 및 품질변화를 방지하며, 고도의 품질시스템을 구축함과 동시에 실패비용을 최소화하기 위하여 정밀하고 많은 작업이 필요하기 때문이다.
1) OOO설비는 우수한 의약품을 제조하기 위하여 공장에서 원료의 구입부터 제조, 출하 등에 이르는 모든 과정에 필요한 관리기준을 충족시키기 위한 클린룸 형태의 공장이다.
이때 OOO규정에 따라 설계 및 공정 검토, 필요한 청정 구역/ 바이오 위해성 수준/ 공조기 배치/ 차압 등 OOO에 대한 기초 검토, 장비 반입구 및 동선의 설계 등을 진행하여 OOO생산품목을 결정하고 상세 생산 공정 및 생산 설비/장치 확정하는 과정을 거친다.
이러한 과정을 통해 개념설계에서 제시한 방향성의 보완 또는 일부 관련법 중에 중요한 사항을 반영하여 당사에서 요구하는 OOO제조소가 현실적으로 적용이 가능한지를 검토하게 된다.
위의 절차를 감안해 보면, 대개 OOO설계부터 시공에 이르기까지 약 6개월 ~ 12개월이 소요된다.
2) 바이오의약품 제조를 위한 OOO설비가 클린품 형태이다 보니, 제품사양에 따라 설비설계의 변경도 수시로 발생하고, 사용승인(준공) 전이나 정상적인 도로개통이 되지 않은 불완전한 지상에 착공 및 시공을 진행했다가 설비가 오염된다든지 하면, OOO설비에 치명적일 수가 있다.
3) 청구법인의 경우 바이오의약품 제조 관련 OOO공장이다 보니 타 업종보다 건축물 및 설비제작을 위한 설계기간이 장시간 소요되었는데, 특히, 설계 도중 제조품목의 변경이 있을 경우 설계변경도 불가피하게 수반되기 때문에 그에 따른 설계기간이 지연되었다.
4) 일반적인 건물을 건설해 놓고 내부에 생산 장비들을 이리저리 옮기거나 추가해서 매장에 공급할 식품의 베이스를 만들거나, 온라인 판매할 밀키트를 제조하는 시설은 건설이 너무나 쉽고 간단한 작업들이다.
반면 OOO시설의 건설은 R&D중인 물질의 종류 및 특성에 따라 건축물, 유틸리티, 공조기, 생산설비들이 특화되어 설계되고 OOO기준에 맞게 건설되어야 하는바, 일반 공장들과 비교해서 3~5배 건설비용이 더 들어가는 것도, 건설기간이 2~3배 더 소요되는 것도 이러한 특성 때문이었다.
(라) 처분청은 인근필지의 기 준공사례(주식회사 AAA)를 비교하면서 청구법인이 정상적인 노력을 다하지 못하였다는 의견이나, 비교대상 법인은 청구법인과 같은 OOO설비를 갖춘 공장 형태도 아니고, 설비에 맞는 건축물의 설계부터 준공에 이르기까지 규모면에서나 투자 금액에서 비교가 될 수 없는 소규모 공장건물이다.
청구법인의 OOO설비 및 건축물에 대한 설계부터 준공에 이르기까지의 행위를 주식회사 AAA와 비교하는 것은 타당하지 아니한다.
(마) 청구법인은 이 건 토지의 잔금지급일(2018.9.4.) 이후 2019.7.17. 소유권이전등기를 하고, 2020.6.22. 해당 산업단지 내 도로 PE방호벽이 철거되고 도로가 개통된 후 2020.7.22. 설계계약을 체결하고 2020.11.20. 착공을 하여 2022.3.21. 그 지상에 이 건 건물을 준공하였다.
위와 같이 이 건 토지의 잔금지급일부터 3년 내에 착공을 하여 이 건 건물을 준공하였으므로 직접 사용이 늦어진 데 정당한 사유가 있는 것으로 보는 것이 타당하다.
나. 처분청 의견
(1) [쟁점①, 주위적 청구] 「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계 취득시기는 사실상의 잔금지급일로 규정하고 있는바, 이 건 토지의 잔금지급일은 2018.9.4.이므로 동 규정에 따라 이날을 취득시기로 보아야 한다.
(2) [쟁점②, 예비적 청구] 청구법인은 이 건 토지를 정당한 사유 없이 감면유예기간(3년) 내 해당 용도로 사용하지 아니한 것으로 보인다.
(가) 이 건 토지 인근의 다른 토지OOO의 경우, 토지 소유자는 2018.11.1. 연부계약에 따른 잔금을 치룬 후 2019.2.15. 착공을 하여 2019.9.9. 해당 건물을 준공하여 지특법 제78조 제4항에 따른 감면을 받았고, 현재까지 산업용 건축물로 사용하고 있다.
반면, 2018년도 촬영된 이 건 토지의 항공사진을 보면, 이 건 토지 앞 도로가 이미 있었고, 사업단지 내 도로의 정상개통 이전이더라도 청구법인이 건축물을 지으려고 하였더라면 충분히 3년 이내에 준공 후 사용할 수 있었던 것으로 보인다.
(나) 이 건 토지의 매매계약서 제3조 제2항의 내용을 보면, 매매대금을 완납하는 경우 토지사용승낙을 받아 사용할 수 있다고 되어 있는바, 청구법인은 이 건 토지의 잔금지급일(2018.9.4.) 이후에는 소유권이전등기일(2019.7.17.) 전이더라도 사업시행사에게 토지의 사용승낙을 신청할 수 있었다.
(다) 감면된 세액의 추징을 배제할 수 있는 “정당한 사유”가 있는지 여부는 건축물 등을 신·증축하는 데에 법령에 의한 금지·제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함한다 할 것이고, 청구법인이 해당 토지를 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지를 개별적으로 판단하여야 할 것이다.
(라)청구법인은 잔금 지급일부터 2년이 지난 2020.10.12. 건축허가를 신고하였고, 2020.11.20. 착공 신고를 하였던 것으로 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 해당 용도로 사용하기 위한 적극적인 노력을 다하였다고 보기 어려우므로 이 건 경정청구 거부처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
① [주위적 청구] 이 건 토지의 취득시기를 잔금지급일이 아닌 소유권이전등기일 내지 토지사용 가능일(도로 등 조성완료일)로 보아야 한다는 청구주장의 당부
②[예비적 청구] 이 건 토지의 취득시기를 잔금지급일로 보더라도, 감면유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
나. 관련 법령 “생략”
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구법인의 사업자등록증에 의하면, 청구법인은 OOO을 본점 소재지로 하여 의약·진단시약 종류의 제조업·도소매업을 영위할 목적으로 2005.9.5. 개업을 하였다.
(나) 청구법인은 2017.9.26. OOO로부터 다음과 같이 이 건 토지를 매매(분양)하는 계약을 체결하였다.
(다) OOO(이사장 BBB)은 2017.9.26. 청구법인과 산업단지 입주계약서를 작성하였다.
(라) OOO이 발급한 이 건 토지의 대금납부확인서에 의하면, 청구법인은 2018.9.4. 잔금을 지급 완료한 것으로 확인된다.
(마) 이 건 토지의 등기사항전부증명서에 의하면, OOO는 2019.6.13. 공동(지분 65분의 100, 지분 100분의 35)으로 소유권보존등기를 하였고, 2019.7.17. 청구법인에게 매매(거래가액 : OOO원)를 원인(2017.9.26.)으로 하여 소유권이전등기를 경료하였다.
(바) OOO은 2019.3.29. 청구법인 등 OOO수분양자에게 OOO의 토지조성(OOO고시 제2019-130호, 2019.3.29.) 승인을 득하였으므로, 소유권이전절차를 진행할 것이라고 안내하였다.
(사) 청구법인은 2020.7.20. 주식회사 CCC과 기술용역 표준계약서(OOO신축공사)를 작성하였고, 2021.4.5. 내용 변경(증축 등)의 추가 계약을 체결하였다.
(아) 청구법인은 2020.9.4. OOO에게 이 건 건물의 건축허가를 신청하였다.
(자) OOO은 2020.10.12. 청구법인에게 이 건 건물의 건축을 허가하였다.
(차) 이 건 건물의 착공신고필증(2020.11.16.)에 의하면, 이 건 건물은 건축주가 청구법인이고, 착공예정일이 2020.11.20.로 나타난다.
(카) 이 건 건물의 신축공사 관련 공사일보(기간 : 2021.1.30. ~ 2021.4.3.)에 의하면, DDD 주식회사(원도급자)의 작업내용에서 이 건 토지에 암반 리핑 및 파쇄 등의 작업 내용과 현장사진이 확인된다.
(타) 이 건 건물의 사용승인서에 의하면, 이 건 건물은 2022.3.21. 사용승인을 받았다.
(파) 청구법인이 제출한 이 건 건물 신축공사의 예정공정표(공사기간 : 2020.11.16. 2021.1.30.)에 의하면, 2020년도 11월경 건축공사(가서루헨스 설치), 2020년도 12월 토공사(흙막이, 터파기), …, 2021년도 12월 정문 설치, 포장·조경공사 등의 매월 공사진행 내용이 작성되어 있다.
(하) 청구법인은 2018.2.27. ~ 2018.10.30. 기간 동안 이 건 토지의 연부 계약에 따른 각 대금 지급에 대하여 취득세를 각 신고·납부하였다.
(거) 처분청은 2021.9.27. 청구법인에게 이 건 토지를 감면유예기간(취득일 2018.9.4.부터 3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데 대한 자진신고를 안내하였고, 청구법인은 2021.10.28. 취득세 등 합계 OOO원을 신고·납부하였다.
(너) 청구법인은 2021.11.30. 이 건 경정청구를 하였으나, 처분청은 2022.1.26. 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 먼저 쟁점①에 대하여 본다.
1) 「지방세법 시행령」 제20조 제2항 제1호에 의하면, 「지방세법」 제10조 제5항 제1호부터 제5호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우 법인 장부 등에 의하여 사실상의 잔금이 입증되는 경우 그 지급일이 취득시기가 되는 것으로 규정하고 있다.
2) 청구법인은 이 건 토지의 취득일을 잔금지급일이 아닌 소유권이전등기일 내지 도로 개통일 등의 토지사용 가능일로 보아야 한다고 주장한다.
3) 하지만, 청구법인은 2018.9.4. 이 건 토지의 잔금을 지급하였고, 이 건 토지의 매매계약서 제3조에 의하면, “이 건 토지를 소유권이전 후에 사용수익할 수 있으나, 잔금을 지급 완료하는 경우에 대하여는 토지 사용승낙을 얻어 사용할 수 있었다”는 내용이 기재되어 있으며, OOO가 조성되어 도로가 개통한 날이 2020년도 6월인지도 불분명할 뿐만 아니라, 그 날을 취득시기로 볼만한 법령이 있지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.
(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다.
1)「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제1호 가목 및 제2호 가목에 의하면, “사업시행자 외의 자가 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신·증축하여 취득하는 부동산(부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2019년 12월 31일까지 경감하고, 이 경우 공장용 건축물을 신·증축하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다”고 규정하고 있으며, 제5항 제1호에 의하면, “정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다”고 규정하고 있다.
2) 처분청은 청구법인이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 감면유예기간(3년) 내 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다는 의견이나, 다음과 같은 사정들에 비추어 청구법인은 이 건 토지를 감면유예기간 내 사용하지 아니한 정당한 사유가 있는 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.
가)「지방세특례제한법」제78조 제5항의 “정당한 사유”가 있는지 여부는 그 입법 취지, 이 건 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애유무 및 장애정도, 청구법인이 이 건 토지를 해당 사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 2014.2.13. 선고 2013두 18582판결, 같은 뜻임)이다.
나) 청구법인은 2018.9.4. 이 건 토지의 매매잔금을 지급하였고, 2019.3.29. OOO가 조성된 이후, 2019.6.13. 소유권이전등기를 하였는바, 청구법인은 이 건 토지의 잔금을 지급하였다고 하더라도 OOO가 조성된 날(2019.3.3.29.)까지는 이 건 토지를 사실상 사용하기 어려웠던 것으로 보인다.
다) 청구법인은 소유권이전등기일(2019.6.13.) 이후 2020년도 7월 공사계약을 체결하였고, 2020.9.4. 건축허가를 신청하여 2020.10.12. 승인받아 2020.11.20. 착공을 하였는데, 청구법인은 전문의약품 제조ㆍ판매 등 업종을 영위하고 있어, OOO공장 설립을 위하여 요구되는 엄격한 기준(설계, 공사)을 충족하기 위하여 설계 등 공사 준비과정에 있어 다소 시간이 소요될 수밖에 없었던 사정도 있었던 것으로 보인다.
라) 청구법인이 제출한 이 건 건물 신축공사의 예정공정표(공사기간 : 2020.11.16. 2021.1.30.)를 보면, 2020년도 11월경부터 2021년도 12월경까지 건축공사(가설펜스 설치), 토목공사, 포장·조경공사 등의 매월 공정계획에 따라 공사를 진행하였던 것으로 보이고, 공사를 지연하였다고 볼만한 귀책사유가 있는 것으로 보이지 아니한다.
마) 공사 진행 중 2021년도 1월경 암반이 발견된 이후 약 4~6개월 동안 암반제거 작업을 수행하게 되어 예상하지 못한 사유로 인하여 당초 예정된 공사 기간이 일부 지연되었다는 청구주장과 관련하여, 청구인이 제출한 공사일보(기간 : 2021.1.30. ~ 2021.4.3.)에서 이 건 토지에 암반 리핑 및 파쇄 등의 작업 내용과 현장사진이 확인되고 있는 것으로 보아 청구인의 주장은 일응 신빙성이 있는 것으로 보인다.
바) 위 나) ~ 마)의 내용과 같이 청구법인은 이 건 토지에 대한 선납할인을 받기 위하여 소유권이전등기일(2019.6.13.)보나 1년 빠르게 잔금을 지급하다 보니 3년 내 준공하지 못하게 되었으나 이 건 토지 취득일부터 3년 내에 착공(2020.11.20.)하며 준공(2022.3.21.) 후 해당 용도로 직접 사용하고 있는 점 등으로 미루어 볼 때 청구법인이 이 건 토지를 감면유예기간 내 해당 목적에 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’가 있는 것으로 볼 수 있다 하겠다.
(다) 따라서 처분청이 청구인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. |
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> 판례,사례등 > 감면(지방세특례제한법)
