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국제공항건설용 토지에 대한 종합토지세 감면 및 농어촌특별세 감면
주문
청구인의 심사청구를 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1999년도 및 2000년도 종합토지세 과세기준일(매년 6.1)현재 소유하고 있
는 ○○광역시 ○○구 ○○동 소재 토지(1999년도 : 8,083.219㎡, 2000년도 : 8,171.002㎡, 이
하 “이 사건 토지”라 한다)에 대한 종합토지세를 구○○광역시 ○구구세감면조례 제3조
제2항의 규정에 의하여 100분의 50을 경감한 종합토지세(1999년도 : 1,738,166,270뭔, 2000년
도 : 1,898,613,000원)를 부과고지하였으나 동 종합토지세와 함께 부과하여야 할 농어촌특별
세가 과세누락된 것을 확인하여 1999년도 및 2000년도에 부과고지한 종합토지세액에 농어촌
특별세법 제5조제1항제8호의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세(1999년도 : 259,724,940
원, 2000년도 : 283,941,950원)를 2001.9.6 부과고지하였다
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조제6항제6호에서 행정자치부장관이
재정경제부장관과 협의하여 고시하는 경우에는 농어촌특별세를 비 과세하도록 규정하고
2000.12.30 고시한 행정자치부고시 제2000-37호에서 “○○국제공항건설 등 사업지원을 위
한 감면”이라고 규정하고 있으므로 ○○국제공항건설 등 사업지원을 위하여 납세의무가 성
립되는 모든 농어촌특별세는 당연히 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의
취소를 구하였다.
3. 우리 부의 판단
이 사건 심사청구는 지방자치단체의 과세면제에 관한 조례에 의하여 종합토지세 과세표준액
의 100분의 50을 경감하고 부과고지한 종합토지세액을 과세표준으로 하여 산출한 농어촌특
별세를 부과고자한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로,먼저 관계법령의 규
정을 보면, 구○○광역시 ○구구세감면조례 제13조 제2항에서 신공항건설공단이 과세기준일
현재 그 고유업무에 직접 사용하는 토지중 과세면제대상이 되지 아니하는 토지에 대한 종합
토지 세는 과세표준액의 100분의 50을 경감한다라고 규정하고 농어촌특별세법 제5조 제8호
에서 지방세법에 의하여 납부하여야 할 종합토지세 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 50
만원+1천만원을 초과하는 금액의 100분의 15의 세율을 적용 한다라고 규정하고 있으며 농
어촌특별세법 제4조 제12호에서 공익사업등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운
영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는
경우 농어촌특별세를 비과세하도록 규정한 다음, 같은 법 시행령 제4조 제6항 제6호에서 지
방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제 및 불균일과세에 관한 조례에 의한 감면중 행정자치
부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하고 행정자치부고시 제2000-37호에서 “농어촌
특별세가 비과세되는 과세면제 및 불균일과세에 관한 조례에 의한 감면”을 고시하면서, 그
제15호에서 ○○국제공항건설등 사업지원을 위한 감면”을 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 ○○광역시 ○구 ○○동 소재 토지에 대한
1999년도 및 2000년도 종합토지 세를 구 ○○광역시 ○구 구세감면조례제3조제2항의 규정에
의하여 100분의 50을 경감한 납세고지서에 의하여 납부하였으나 처분청에서는 종합토지 세
부과고지시 농어촌특별세가 과세누락된 것을 확인하여 1999년도 및 2000년도에 부과고지한
종합토지세액에 농어촌특별세법 제5조제1항제8호의 세율을 적용하여 산출한 이 사건 농어촌
특별세를 2001.9.6 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.
그런데 청구인은 농어촌특별세법 제4조 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제6호에서 행정자치
부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시하는 경우에는 농어촌특별세를 비과세하도록 규정
되어 있고, 행정자치부 고시(제2000-37호)에서 ○○국제공항건설 등 사업지원을 위한 감면
이라고 규정되어 있으므로 이 사건 농어촌특별세는 비과세되어야 한다고 주장하지만, 농어
촌특별세법시행령 제4조 제6항 제6호에서 지방세법 제7조의 규정에 의한 과세면제 및 불균
일과세에 관한 조례에 의한 감면중 행정자치부장관이 재정경제부장관과 협의하여 고시한 규
정은 취득세와 등록세가 과세면제 되는 경우에 그 면제세액에 대하여 부과하는 농어촌특별
세를 비과세한다는 규정이고 종합토지세는 과세면제되면 농어촌특별세도 함께 과세면제되고
종합토지세가 과세되면 농어촌특별세도 과세되어야 하므로 처분청에서 종합토지세 부과고지
시 과세누락된 농어촌특별세를 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라고 할 것이다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여
주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
