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원자력발전소가 신축한 온배수양식장 및 접안시설을 전력용 시설로 볼 수 있는지 여부
주문
처분청이 2001.10.10 부과고지한 취득세 63,472,830원, 농어촌특별세 5,818,320원, 등록세
24,930,630원, 지방교육세 4,570,590원, 합계 98,792,370원을 취득세 2,730,430원, 농어촌특별세
250,280원, 등록세 633,690원, 지방교육세 116,170원, 합계 3,730,570원으로 경정한다.
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1998.11.14. ○○북도 ○○시 ○○면 ○○리 20번지와 806번지내에 신축
한 온배수 양식장 및 실험실 2,035.7㎡(이하 “이 사건 온배수양식장”이라 한다)와
1999.12.27 같은 리 240번지내에 건축한 잔교식 접안시설및 건축물 108㎡(이하 “이 사건 잔
교식 접안시설”이라 한다) 및 2000.3.20 ○○북도 ○○면 ○○리 621-5번지상에 신축한 상
수원관리동 47.25㎡와 2000.3.20 ○○북도 ○○면 ○○리 621-5번지상에 신축한 상수원관리
동 47.25㎡와 2000.3.20 같은 리 125번지상에 신축한 사택경비실 34.26㎡의 취득가액
(2,644,701,798원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제4호의 세율을 적용하
여 산출한 취득세 63,472,830, 농어촌특별세 5,818,320, 등록세 24,930,639, 지방교육세
4,570,590, 합계 98,792,370원(가산세 포함)을 2001.10.10 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 2001.4.2. 한국전력공사로부터 분할설립된 법인으로서 산업입지및개발에관한법률
제17조의 규정에 의하여 지정된 ○○전원단지내 원자력발전소 설치운영에 필요한 건축물 등
을 신축하여 처분청으로부터 취득세 등을 과세면제받았으나 그 과세면제 처분이 잘못되었다
는 사유로 다시 부과고지한 이 사건 취득세 등의 취소를 구하면서 그 이유로
첫째, 원자력발전소에 필요한 바다용수를 취수하여 순환하면 온수가 배출 되므로서 원자력
발전소 건설당시 관계부(환경부, 산업자원부, 과학기술부)의 환경영향평가 협의내용중 온배
수를 이용한 양식장을 설치하도록 함에 따라 이 사건 온배수양식장을 설치한 후 이를 관리
하기 위하여 (주)한국○○○○연구소(대표 박○○)에 양식장운영 용역을 의뢰하고 동 연구
소에서는 치어 등을 양식하여 인근 어민 등에게 제공하고 있으므로 이는 청구인이 직접 사
용하고 있는 발전소용 건축물에 해당되어 이에 대한 취득세등은 과세면제되어야 하고,둘째,
잔교식 접안시설 및 편의시설로 이용되고 있는 건축물 108㎡는 육상운송이 불가능한 원자
로, 터빈 및 대용량 탱크 등의 해상운송에 필요한선박을 정박할 수 있도록 설치한 시설일
뿐만 아니라 더구나 국가보안 목표시설인 “가”급의 보안경계를 위한 해군경비정이 정박하
는 시설로 제공되고 있고, 또한 건축물 108㎡는 식수공급 및 군인 등이 대기할 수 있는 편
의 시설이므로 이 사건 잔교식 접안시설 등은 발전시설에 직접 사용하는 시설에 해당되어
이에 대한 취득세 등도 과세면제되어야 하고,셋째, ○○북도 ○○시 ○○면 나아리 상수원관
리동은 당초 ○○원자력발전소의 제한구역내에 위치하고 있어 이를 청구인이 양수하는 대
신, 제한구역외에 상수원관리원동을 신축한 후 ○○리 상수도관리위원회가 소유한다는 협약
에 따라 1999.6.18 건축허가(건축물 47.25㎡)를 받고 1999.6.22 착공하여 1999.9.22 건축주를
청구인에서 ○○리 마을회로 변경한 다음, 1999.10.7 이 사건 상수원관리동을 신축·취득하
였으므로 신축 취득당시의 소유자는 ○○리 마을회이기 때문에 청구인은 취득세 납세의무가
성립될수 없으므로 이에 대한 취득세 등은 취소되어야 하고,넷째, 사택경비실 34.26㎡에 대
한 신축비용이 법인장부상 95,727,000원으로서 사용검사일(1999.12.10)로부터 30일 이내인
1999.12.27 옹벽공사비 등을 제외한 70,420,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부
하였으므로 처분청에서 과세누락된 과세표준에 대한 취득세를 추징할 시에는 미 신고된
25,307,000원만을 과세표준으로 하여야 함에도 과세표준을 66,010,000원으로 하였으므로 그
차액 40,703,000원에 대한 취득세 등 부과처분은 부당하다고 주장하면서 취소를 구하였다.
3. 우리 부의 판단
이 사건 심사청구는 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지내 소재하는 원자
력발전소에서 신축한 온배수양식장, 잔교식 접안시설 등이 전력용 시설물에 해당되는 지 여
부에 관한 다툼이라 하겠으므로,먼저 관계법령의 규정을 살펴 보면, 지방세법제105조 제1항
에서 취득세는 부동산 등의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도에서 그 취득자에게
부과한다라고 규정되어 있고, 같은 법 제111조 제5항과 같은 법 시행령 제82조의2 제1항에
서 법인은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 한다라고 규정하고 있으며, 구 지방세법
(1999.8.31 법률 제6009호로 개정하기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항에서 산업입지및개
발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지안에서 공장용건축물·연구시설 및 시험생산용 건축
물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면
제한다라고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 살펴 보면, 청구인은 1998.11.14 이 사건 온배수양식장을,
1999.12.27 이 사건 잔교식접안시설을, 2000.3.20 상수원관리동 및 사택경비실을 각각 신축취
득한 후 이 사건 온배수양식장자 이 사건 잔교식 접안시설에 대한 취득세 등을 처분청으로
부터 과세면제받았으나 동시설물이 전력용 건축물에 해당되지 아니하여 취득세 과세대상임
에도 신고납부하지 아니하였고 상수원관리동에 대한 취득세 등은 미신고하였으며 사택경비
실은 신고납부할 당시에 과세대상을 일부누락하였기 때문에 미신고 및 과세누락된 취득세
등을 2001.10.10부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 첫째 주장에서 청구인은 원자력발전소건설 당시 관계부처(환경부, 산업자원부,
과학기술부)의 환경영향평가 협의내용중 온배수를 이용할 양식장을 설치하도록 함에 따라
이 사건 온배수 양식장을 설치한 것이므로 이는 발전소용 건축물이라고 주장하고 처분청에
서는 이 사건 온배수 양식장은 발전소와는 직접적으로 관계가 없다는 사유로 발전소용 건축
물이 아니라고 주장하고 있지만 1991.8.8 환경부에서 발전소의 온배수에 따른 해양생태계변
화가 예상되므로 주변양식장 및 어장에 미치는 영향에 대비하여 적절한 대책을 수립하여 시
행(평분 31664-12733)토록 하였고, 과학기술부에서는 온배수를 이용한 어민소득 증대방안에
대한 구체적 계획을 수립토록 촉구(방안 71245-794, 1995.12.27)하였을 뿐만 아니라, 산업자
원부에서는 온배수를 이용한 양식사업을 조속히 추진(원발 57330-95, 1996.4.26)토록 함에
따라 이 사건 온배수 양식장을 신축하여 온배수물에 대한 방사능 측정 및 치어 등을 양식하
여 방류하고 있는 것으로 미루어 보면, 이 사건 온배수 양식장은 원자력발전소가동시 불가
피하게 배출되는 온배수가 인근바다의 수산자원등 생태계에 미치는 영향이나 안전성을 검증
하기 위한 필수불가결한 시설로 보아야 할 것이므로 이는 발전소용 건축물로 이용되고 있는
것으로 보아야 하고
둘째 주장에서 청구인은 잔교식 접안시설 및 편의시설은 육상운송이 불가능한 원자로, 터빈
및 대용량 탱크 등의 해상운송에 필요한 선박을 정박할 수 있도록 설치한 시설이라고 주장
하고 처분청에서는 전력을 생산하기 위한 직접적인 시설이 아니기 때문에 발전소용 건축물
에는 해당되지 않는다고 주장하지만, 잔교식 접안시설은 원자력발전소 운영시 육상운송이
불가능한 원자로·터빈 및 대용량 탱크류 등의 해상운송을 위한 필수적인 시설로 보아야 하
고 더구나 청구인은 국가보안목표시설 “가”급에 해당되어 해병부대가 상시 주둔하고 유사
시 또는 평상시에는 해군경비정 및 해경정이이 사건 잔교식 접안시설에 정박하고 그 군 및
경찰병력들의 식수공급 등을 위하여 신축한 편의시설 104㎡도 발전설비의 안전한 선적 및
하역을 위하여 필요한 발전소용 건축물에 해당된다고 보아야 하며
셋째 주장에서 청구인은 상수원관리동은 ○○리 마을회 명의로 사용검사를 필하였기 때문에
취득세 납세의무가 없다고 하지만 1997.8.29 청구인과 ○○리 상수도관리위원회와의 상수원
관리동이전에 관한 협약서에서 청구인이 상수원관리동을 신축한 후 ○○리 상수도관리위원
회에 기부채납하도록 규정되어 있고, 청구인의 법인 장부상 상수원관리동 신축비용이 건설
가계정으로 등재되어 있는 사실로 미루어 보면, 이 사건 상수원관리동은 청구인이 취득한
것으로 보아야 하고, 비록 이 사건 상수도관리 동을 신축하여 ○○리 마을회에 기부채납하
였다고 하더라도 국가나 지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 기부채납한 것이 아니기 때
문에 이에 대한 취득세 납세의무는 청구인에게 있다고 판단되며,넷째 주장에서 사택경비실
신축비용이 법인장부상 총 95,727,000원으로서1999.12.10사용검사를 받고 이로부터 30일이내
인 1999.12.27 옹벽공사비등을 제외한 70,420,000원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납
부한 사실이 법인장부 및 취득세 납부영수증 등에서 입증되고 있으므로 처분청에서 과세누
락분에 대하여 추징할 당시의 과세표 25,307,000원임에도 66,010,000원을 과세표준으로 하여
산출한 취득세 등을 부과고지하였으므로 그 차액인 40,703,000원에 대한 취득세 등은 취소되
어야 할 것이다.
따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의
하여 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
