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국민건강보험공단이 임대에 공하는 부동산은 고유업무에 사용되는 것으로서 종합토지세 감면(50%) 대상임
주문
1. 처분청은 2000.10.2자로 청구인에게 한 종합토지세 11,007,590원, 교육세 2,201,510원, 농어
촌특별세 964,110원 합계 14,173,210원의 부과처분에 관하여 종합토지세가 50% 경감되는 것
으로 하여 경정결정 하여야 한다.
2. 나머지 청구를 기각한다.
이유
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 2000년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있는 서울특별시 ○
○구 ○○동 168-9번지에 있는 건물의 부속토지 6,783.68㎡중 3,903.3㎡는 과세면제 하고 임
대중인 나머지 2,880.4㎡(이하 좥이 사건 토지좦 라 한다)는 고유업무에 직접 사용하지 아니
하는 과세대상 토지로 보아 별도합산과세표준액(2,018,872,360원)에 같은 법 제 234조의 16
제2항의 세율을 적용하여 종합토지세 11,007,590원, 도시계획세 9,509,380원, 교육세 2,201,510
원, 농어촌특별세 964,110원 합계 23,682,590원을 2000.10.2자로 부과처분(이하 좥이 사건 부
과처분좦 이라 한다)을 하였다.
2. 청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건 부과처분 중 도시계획세 9,509,880원을 제외한 나머지 세액을 취소하여 달라는 취지
의 청구
나. 청구 이유
이 사건 토지의 임대는 국민건강보험법상 청구인의 고유업무로 되어 있으므로 이 사건 부과
처분 중 도시계획세액을 제외한 나머지 세액은 취소되어야 한다.
3. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건 토지의 임대가 감면대상에 해당하는지 여부와 감면대상이라면 50% 감면 대상인 고
유업무와 전액 감면대상인 의료보험관리업무 중 어디에 속하는지 여부.
나. 인정 사실
(1) 청구인은 공무원및사립학교직원의료보험법 제9조에 근거하여 서울특별시 ○○구 ○○동
1687-9번지에서 법인명을 ‘공무원및사립학교교직원의료보험관리공단’으로 하고 설립목적
을 “공무원, 사립학교 교직원 및 그 부양가족의 질병·부상·분만 또는 사망 등에 대하여
보험급여를 실시함으로써 그들의 건강을 향상시키고 사회보장의 증진을 도모함을 목적”으
로 하여 1978.7.1 설립등기를 하였다.
(2) 청구인은 1998.10.1 법인명을 ‘○○○○공단’으로 변경하였다.
(3) 청구인은 서울특별시 ○○구 ○○동 168-9번지 건물 25,643.85㎡, 토지 6,783.68㎡를
2000년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 소유하고 있으며 이 중 건물 10,266.4㎡와 그 부
속토지 2,880.4㎡를 국민건강심사평가원 외 15인에게 임대하고 있다.
(4) 처분청은 2000.12.2 이 사건 부과처분을 하였다.
다. 관계 법령의 규정
(1) 지방세법 제234조의15 제1항은 “종합토지세의 과세표준은 종합합산과세표준·별도합산
과세표준 및 분리과세표준으로 구분한다”고 규정하고 있고, 제3항은 “별도합산과세표준은
과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령
으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합한 금액으로 한다(다만, 이하 생략)”고 규정하
고 있다.
(2) 지방세법 제234조의16 제2항에는 별도합산과세표준에 적용할 세율을 규정하고 있다.(세
율 생략)(3) 지방세법 제273조 제3항에는 국민의료보험법에 의하여 설립된 국민의료보험관
리공단이 의료보험관리업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와
등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 종합토지
세를 면제한다고 되어 있다.
(4) 구 지방세법 제291조 제2항 제4호(2000/12/29 법률 제6312호로 개정되기 전의 것)에는
국민의료보험관리공단이 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 종합토지세의 100
분의 50을 경감한다고 규정되어 있다.
(5) 지방세법 제267조 제4항에는 농지개량조합법에 의하여 설립된 농지개량조합의 고유업무
란 법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한
다고 규정하면서 다른 공공법인에도 같이 적용되는 것으로 규정하고 있다.
(6) 국민건강보험법 제13조(업무) 제1항에는 “공단은 다음 각 호의 업무를 관장한다.
1. 가입자 및 피부양자의자격관리
2. 보험료 등의 부과·징수
3. 보험급여의 관리
4. 가입자 및 피부양자의 건강의 유지 ·증진을 위하여 필요한 예방사업5. 보헙급여비용의
지급
6. 자산의 관리·운영 및 증식사업
7. 의료시설의 운영
8. 건강보험에 관한 교육훈련 및 홍보
9. 건강보험에 관한 조사연구 및 국제협력
10. 이 법 또는 다른 법령에 의하여 위탁받은 업무
11. 기타 건강보험과 관련하여 보건복지부장관이 필요하다고 인정한 업무”라고 규정되어
있고, 제2항에는 “제1항 제6호의 규정에 의한 자산의 관리·운영 및 증식사업의 종류와 범
위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”라고 규정되어 있다(청구인의 법인 등
기부에 기재된 업무내용도 법 제13조 제1항에 규정된 업무와 동일함)(7) 국민건강보험법 제
13조 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제11조 제5호에는 공단의 자산관리·운영 및 증
식사업의 방법 중 하나로 “공단의 업무에 사용되는 부동산의 취득 및 일부 임대”를 규정
하고 있다.
라. 판단
처분청은 이 사건 토지의 임대가 공단의 수익사업으로 과세대상이라고 주장하는 반면, 청구
인은 의료보험관리업무로 전액 감면대상이라고 주장하고 있다.
그러므로 이 사건의 다툼은 이 사건 토지의 임대가 과세대상과 감면대상 중 어디에 속하는
지 여부와 감면대상이라면 50% 감면대상인 고유업무와 전액 감면대상인 의료보험관리업무
중 어디에 속하는지 여부에 있다.
먼저 이 사건 토지의 임대가 과세대상이라고 하는 처분청의 주장에 대해서 살펴 본다.
위 관계법령에서 본 바와 같이, 지방세법 제273조 제3항과 구 지방세법 제291조 제2항에는
청구인의 의료보험관리업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 종합토지세를 전액 면제하
도록 되어 있고 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 50%를 감면하도록 되어 있
다.
그리고 국민건강보험법 제13조 제1항, 제2항 및 같은 법 시행령 제11조 제5호와 청구인의
등기부상에는 “공단의 업무와 사용되는 부동산 취득과 일부 임대”를 청구인의 업무로 규
정하고 있다.
지방세법 제267조에서 밝히고 있는 바와 같이 일반적으로 고유업무라 함은 법령에서 개별적
으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는 데, 그렇다면 이
사건 토지의 임대는 적어도 구 지방세법 제291조 제2항에 규정된 청구인의 고유업무에 해당
한다고 봄이 타당하므로 이 사건 토지의 임대가 청구인의 업무와 관계없는 과세대상이라고
하는 처분청의 주장은 잘못이라 하겠다.
다음으로 이 사건 토지의 임대 사실에 대해 청구인은 종합토지세가 50% 감면되는 고유업무
에 해당하는 것이 아니라 전액 감면대상인 의료보험관리업무에 속한다고 하는 주장에 대해
살펴본다.
위에서 언급한 바와 같이 고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인 등기
부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말하는데, 공공법인의 고유업무라 하더라도 공익성이
높은 순수 공익성 업무와 상대적으로 공익성이 낮은 법인의 자산관리 운영 등 여러가지 업
무로 구성되어 있다.
청구인의 고유업무도 이와 같은 맥락에서 보면 순수 공익성을 띤 국민의 건강에 관련된 의
료보험관리업무와 상대적으로 공익성이 낮은 청구인의 자산의 관리·운영 및 증식사업과 기
타의 사업이 포함되어 있다.
청구인과 같은 비영리 공공법인의 업무에 대한 종합토지세의 과세와 감면은 조세정책에 관
한 사항이지만 일반적으로 국민의 건강과 관련된 순수 공익성 업무에 대해서는 과세대상에
서 제외하고 있다.
청구인의 고유업무에 대해서 종합토지세 50%를 감면하면서도 순수 공익성 업무라고 볼 수
있는 국민보건에 직접 관련된 의료보험관리업무에 대해서 종합토지세를 전액 면제하도록 한
지방세법의 규정도 위와 같은 취지로 보아야 할 것이다.
따라서 청구인의 이 사건 토지의 임대업무는 청구인의 고유업무의 하나임에는 의심할 여지
가 없으나 청구인의 본래 설립목적인 국민보건의 향상과 사회보장의 증진에 직접 관련된 의
료보험관리 업무에 속한다고 보기는 어려우므로 구 지방세법 제 291조 제2항의 규정에 따라
종합토지세 50%의 감면대상에 해당한다고 판단한다.
4. 결론
그렇다면 처분청이 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 잘못이고, 청구인의 주장도 일
부만 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한
다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
