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지방세 중과세율적용배제가 취득세감면에 해당 하는지 여부
감심2024-47,2024.07.25. 외 다수
청 구 인 부동산투자회사주식회사(대표이사 A)서울특별시 ㊀구 대리인 회계법인 담당 공인회계사 B, C
처 분 청 서울특별시 ㊁구청장
결 정 일 자 2024. 7. 25.
주 문 처분청은 2023. 3. 21. 청구인에게 한 농어촌특별세 경정청구 거 부처분을 취소하여야 한다.
이 유
1. 원 처분의 요지
가. 청구법인은 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따라 설립된 부동산투자회사로서 2022. 11. 24. 서울특별시 ㊁구 ㊂로 XX 소재 건물 및 토지(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 취득세 과세표준 487,660,323,970원에 대하여 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 제1호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 취득세 중과세율을 적용하지 아니하고 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 19,506,412,950원, 지방교육세 1,950,641,290원, 농어촌특별세 4,876,603,230원 계- 2 –26,333,657,470원을 신고·납부하였다.
나. 청구법인은 2023. 1. 25. 쟁점규정이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당하지 아니한다는 사유로 청구법인이 납부한 농어촌특별세1)4,876,603,230원 중 쟁점규정에 따른 취득세 경감분 3,901,282,590원(이하 “이 사건 농어촌특별세”라 한다)에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 3. 21. 위 경정청구를 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
1) 취득세 감면에 대해 농어촌특별세의 납세의무가 성립하려면 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따라 ① ｢지방세법｣ 또는 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 ② 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제(이하 “쟁점감면 등”이라 한다)에 해당하거나, ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하여야 하는데 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용을 배제할 경우 중과세율을 적용할 경우에 비해 취득세가 경감되기는 하나, 중과세율 적용의 배제는 쟁점감면 등에 해당하지 않는다. 지방세관계법상 세액감면에 대한 정의가 따로 규정되어 있지 않아 중과세율 적용을 배제함에 따라 취득세가 경감되므로 세액감면에 해당한다는 주장이 있을 수 있으나, 통상적으로 세액감면은 과세표준에 세율을 곱하여 세액을 산출한 이후 지방세관계법에 따른 감면규정을 적용하여 그 세액을 경감하는 방식을 말한다고 봄이 타당하며, 이와 달리 세액 산출 이전에 세율의 적용에 관한 사안인 중과세율의 적용 배제는 세액감면의 범주에 포함된다고 보기는 어렵다.이와 관련하여 대법원2)도 쟁점규정은 중과세율의 적용 배제만 규정하였을 뿐 세액감면은 전혀 규정하지 않았다고 판단하고 있는바, ‘세액감면’과 ‘중과세율의 배제’는 구분되는 의미로 보아야 한다. 따라서 쟁점규정에 따른 중과세율 적용 배제는 쟁점감면 등에 해당하지 아니하므로 이 사건 거부처분은 부당하다.
2) ｢농어촌특별세법｣의 소관부처인 기획재정부는 중과세율의 적용 배제가 ｢농어촌특별세법｣상 과세대상인 쟁점감면 등에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석3)해 왔다.
3) ｢농어촌특별세법｣은 지방세관계법의 개정으로 농어촌특별세의 과세에 영향을 미치는 사안에 대해서는 이를 적절히 반영하여 개정한 것으로 보이고, 쟁점규정에 의하여 경감된 세액을 농어촌특별세 과세대상으로 삼고자 하였다면 별도의 규정을 두어야 함이 ｢농어촌특별세법｣의 법률체계상 타당해 보이나, 2011.1. 1. ｢지방세법｣의 분법·｢지방세특례제한법｣의 신설과 그에 따른 ‘지방세특례’의 정의규정의 도입 시 ｢농어촌특별세법｣에 쟁점규정과 관련한 개정사항이 없는 것으로 확인되고, 2014. 12. 31. 쟁점규정이 ｢조세특례제한법｣에서 ｢지방세특례제한법｣으로 이관될 당시에도 감면규정 일몰에 따라 감면규정을 농어촌특별세 비과세 규정에서 삭제한 것 외 개정사항이 없는 것으로 나타난다.
3. 처분청의 의견
청구법인은 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용 배제가 ｢농어촌특별세법｣ 제2조에 따른 쟁점감면 등에 해당하지 않기 때문에 농어촌특별세 납세의무가 성립하지 않는다고 주장하나, 다음과 같은 사유로 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용 배제는 감면에 해당하므로 이 사건 거부처분은 정당하다.
가. ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제6호에 따르면 ‘지방세 특례’를 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함)로 규정하고 있고, 같은 법 제4조 제2항에 따르면 지방자치단체는 ｢지방세법｣ 제13조 및 제28조 제2항에 따른 중과세의 배제를 통한 지방세 감면을 할 수 없다고 규정하여 중과세의 배제가 지방세 감면에 해당함을 명시하고 있다. 그리고 ‘감면’의 개념을 사전적 의미로 해석하더라도 중과세율 적용 배제를 통하여 조세부담을 덜어주므로 감면의 범주로 볼 수 있으며, 행정안전부4)도 ｢지방세특례제한법｣ 제2조 제1항 제6호에서 정의된 ‘지방세 특례’는 모두 납세자의 세액을 감소시키는 것으로 넓은 의미에서 모두 감면에 해당한다고 판단하였다. 또한 최근 대법원에서 쟁점규정이 ｢지방세특례제한법｣ 제180조에서 그 중복적용을 배제하고 있는 감면 규정에 포함된다고 해석함이 타당하다고 판결한 바 있다.나. 농어촌특별세는 국세와 지방세를 본세로 하여 부가세 방식으로 부과되는 조세로서 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제3항에서 ｢농어촌특별세법｣에서 정하지 아니한 다른 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다고 규정하고 있고, 같은 조 제1항에 따르면 ‘감면’이란 쟁점감면 등 뿐만 아니라 특정한 특례세율이 적용되는 경우를 망라하도록 되어 있다. 즉, 같은 조 제1항 제2호6) 및 제3호7)에서 특례세율이 적용되는 경우를 ‘감면’에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 특정세율을 배제하고 일정한 세율(특례세율)을 적용하는 것이 ‘감면’에 해당함을 알 수 있다. 따라서 쟁점규정은 본세인 취득세 ‘감면’에 포함되고, ｢농어촌특별세법｣ 제2조에 따른 ‘감면’에 해당된다고 할 수 있다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항, 제3조 제1호 및 제5조 제1항에 따르면 부동산을 취득할 때 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣에 따라 취득세의 감면을 받는 자는 감면을 받는 취득세의 감면세액에 100분의 20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세액으로 납부하여야 하는데, 이때 “감면”이란 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 또는 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 것을 말한다.이 사건의 다툼은 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율이 적용되지 않고 표준세율이 적용되어 취득세가 경감되었는데 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하는지 여부이다.만일 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당한다면 농어촌특별세 납세의무는 성립하고, 취득세 경감이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하지 않는다면 농어촌특별세 납세의무는 불성립한다. 나. 인정사실이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.1) 청구법인은 2022. 7. 26. ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따라 자산을 부동산, 부동산개발사업, 부동산 사용에 관한 권리 등에 투자하여 얻은 수익을 주주에게 배당하는 것을 목적으로 설립된 부동산투자회사이다. 청구법인은 2022. 11. 24. 이 사건 부동산이 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 제1호에 따른 취득세 중과세율 적용 대상이나 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감되므로, 이를 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”으로 보아 취득세 표준세율8)과 중과세율의 차이로 인해 경감되는 취득세액 19,506,412,950원10)에 100분의 20을 곱하여 산출한 이 사건 농어촌특별세 3,901,282,590원을 포함하여 [표 1]과 같이 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 26,333,657,470원을 신고·납부하였다.[표 1] 이 사건 부동산 취득세 등 산출세액 및 신고·납부 내역(단위: 원, %) <이하생략>
3) 청구법인은 2023. 1. 25. 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 적용 배제는 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 따른 “감면”에 해당하지 아니한다는 기획재정부 질의회신을 근거로 이 사건 농어촌특별세에 대하여 경정청구를 하였으나, 처분청은 2023. 3. 21. 이 사건 거부처분을 하였다.
4) 재무부는 1994. 3. 24. ｢농어촌특별세법｣12) 제정 당시 ｢농어촌특별세법 해설｣을 발간하였는데, 위 해설에 따르면 농어촌특별세가 부과되는 조세감면은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조에서 정의된 감면으로 그 범위가 한정되므로 농어촌특별세가 부과되는 조세감면의 유형은 조세감면규제법등에서 “비과세, 세액면제,세액감면, 세액공제 또는 소득공제”로 명시되어 있거나 감면의 실질내용이 이들과 동일한 경우 및 공공법인의 우대세율·세금우대저축 등에 5% 우대세율이 적용되는 경우를 말한다고 되어 있고, ｢조세감면규제법｣에서 규정하고 있는 익금불산입, 준비금손금산입, 특별감가상각비의 계상, 공익법인에 대한 소득계산의 특례, 기부금 손금산입특례 등은 조세감면이기는 하나 농어촌특별세의 과세대상은 아니며, 관세의 경우에도 할당관세16)와 같이 세율자체를 경감하는 것은 감면으로 보지 아니한다고 되어 있다.
5) ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 각 호의 회사(이하 “부동산 간접투자회사”라 한다)가 취득하는 부동산에 대한 취득세 특례 규정 및 이와 관련된 농어촌특별세법령의 개정 연혁을 구체적으로 살펴보면 [표 2]와 같다.<생략>
6) 기획재정부는 현행 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제2항에 대하여 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 신설 당시부터 일관하여 해석하여 왔고, 쟁점규정이 ｢조세특례제한법｣에서 ｢지방세특례제한법｣으로 이관된 이후에도 농어촌특별세 과세대상 여부에 대하여 종전과 동일하게 농어촌특별세 과세대상에 해당하지 아니한다고 해석하여 왔다.
다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항 제1호 등 [별지]기재와 같다.
라. 판 단
｢농어촌특별세법｣ 제3조 제1호 및 제5조 제1항 제1호에 따르면 ｢지방세법｣및 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세의 감면을 받는 자는 감면을 받는 취득세의 감면세액에 100분의 20을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세액으로 납부하여야 한다. 이때 “감면”이란 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 규정된 바와 같이 ｢지방세법｣ 및 ｢지방세특례제한법｣ 등에 따라 취득세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 쟁점감면 등 또는 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용에 해당하는 경우를 말한다.｢지방세법｣ 제13조 제2항 본문 및 제1호에 따르면 ｢수도권정비계획법｣ 제6조에 따른 과밀억제권역(｢산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률｣을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 “대도시”라 한다)에서 법인을 설립하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 등에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 ｢지방세법｣ 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율20)의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하고(중과세율을 적용하고), ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따르면 각 호21)의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 같은 법 제11조 및 제12조에 따른 세율(표준세율)에서 중과기준세율을 뺀 세율(특례세율)로 산출한 금액을 그 세액으로 한다.｢지방세특례제한법｣ 제2조 제6호에 따르면 “지방세 특례”란 세율의 경감,세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말하고, 같은 법 제180조에 따르면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하며, 쟁점규정에 따르면 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 취득세를 과세할 때 2024년 12월 31일까지 같은 법 제13조 제2항 본문의 세율(중과세율)을 적용하지 아니한다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.
위 관계법령 및 법리 등에 비추어 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것이 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당하는지 여부를 살펴보면,
① 농어촌특별세 과세대상에 해당하는 감면의 종류를 열거하고 있는 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 쟁점감면 등과 ｢지방세법｣ 제15조 제1항에 따른 취득세 특례세율의 적용만 규정되어 있고 쟁점규정은 따로 명시되어 있지 않는데도 쟁점규정을 농어촌특별세 과세대상으로 보는 것은 과세요건 법정주의·명확주의에 위배되는 점,
② ｢농어촌특별세법｣ 제정 당시 법안을 작성한 재무부가 발간한 ｢농어촌특별세법 해설｣에 따르면 농어촌특별세의 과세대상이 되는 조세감면은 ｢조세특례제한법｣ 등에서 쟁점감면 등으로 명시되어 있는 경우를 말하므로 익금불산입,준비금의 손금산입, 특별감가상각비의 계상 등의 경우 조세감면이기는 하나 농어촌특별세의 과세대상이 아니고, 관세의 경우에도 할당관세와 같이 세율자체를 경감하는 것은 감면으로 보지 아니하도록 되어 있는바 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 세액 산출 이전에 세율의 적용을 규정한 쟁점규정이 농어촌특별세가 부과되는 감면유형인 비과세,세액면제, 세액감면, 소득공제의 어느 범주에도 포함된다고 보기는 어려운 점
③ 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정된 구 ｢지방세법｣ 제15조 제1항(2015. 7. 24. 법률 제13427호로 개정·시행되기 전의 것)에 종전 취득세 비과세 대상에 대하여 비과세는 적용하지 않고 표준세율보다 낮은 세율을 적용하는 취득세 특례세율을 도입하자 2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정된 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항 제3호에 취득세 특례세율의 적용을 농어촌특별세 과세대상인 감면에 해당하는 것으로 추가한 것을 볼 때 ｢농어촌특별세법｣은 농어촌특별세의 과세에 영항을 미치는 지방세관계법의 개정사안에 대해 이를 반영하여 개정한 것으로 보이고, 쟁점규정에 따라 경감된 취득세액이 농어촌특별세 과세대상에 해당한다면 위와 같이 별도의 규정을 두어야 함이 ｢농어촌특별세법｣의 법률체계상 타당해 보이나25), 2011. 5. 19. 법률 제10631호로 개정·시행된 구 ｢조세특례제한법｣ 제120조 제4항(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)에 부동산 간접투자회사의 대도시 내 부동산 취득에 대해 취득세 중과세율의 적용 배제를 처음 규정할 때 및 2014. 12. 31. 개정·시행된 구 ｢지방세특례제한법｣에서 쟁점규정을 신설할 때 이와 관련한 ｢농어촌특별세법｣의 개정사항은 없는 것으로 확인되는 점,
④ ｢농어촌특별세법｣ 소관부처인 기획재정부는 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 배제가 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항에 해당하지 아니한다고 일23) 재무부(1994), ｢농어촌특별세법 해설｣, pp. 11, 과천:재무부 24) 구 ｢지방세법｣ 제110조(형식적인 소유권의 취득 등에 대한 비과세)는 농어촌특별세법 제2조 제1항 제1호에 따른 쟁점감면 등에 해당하여 농어촌특별세 과세대상이었음25) 조세심판원 2023. 10. 24. 자 2022지0798 결정 등- 12 -관되게 해석해 온 점,
⑤ 쟁점규정에 따른 중과세율의 적용 배제가 감면에 해당하므로 이 사건 거부처분은 정당하다는 주장의 근거로 처분청이 제시한 판결26)은 쟁점규정이 ｢지방세특례제한법｣상 감면규정에 해당하여 같은 법 제180조 중복 감면의 배제규정 적용 대상이라는 판결로서 쟁점규정에 따른 취득세 중과세율의 배제가 농어촌특별세의 과세대상인 ｢농어촌특별세법｣ 제2조 제1항의 “감면”에 해당한다고 판단한 것은 아니므로 이를 그대로 원용하기는 어려운 점 등을 종합적으로 고려할 때 청구법인이 이 사건 부동산 취득 시 쟁점규정에 따라 취득세 중과세율의 적용이 배제되어 취득세가 경감된 것은 ｢농어촌특별세법｣제2조 제1항의 “감면”에 해당하지 아니한다. 따라서 처분청의 거부처분은 ｢지방세특례제한법｣상 감면과 농어촌특별세 과세대상 감면에 관한 법리를 오해하여 잘못된 결론에 이른 위법이 있다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
