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취득세 등 경정청구 거부처분에 관한 심사청구
감심2021-860(20231221) 취득세
결정요지
이 사건 토지의 취득은 이 사건 감면규정 적용대상에 해당하고, 그 취득세 산출 시 이 사건 감면규정과 ｢지방세법｣ 제11조 제1항에 따른 표준세율을 동시에 적용하더라도 중복 감면에 해당하지 아니하므로 이 사건 거부처분은 잘못이 있다.
[결정요지]
이 사건 토지의 취득은 이 사건 감면규정 적용대상에 해당하고, 그 취득세 산출 시 이 사건 감면규정과 ｢지방세법｣ 제11조 제1항에 따른 표준세율을 동시에 적용하더라도 중복 감면에 해당하지 아니하므로 이 사건 거부처분은 잘못이 있다.
[주문]
처분청은 2 0 2 0 . 1 1 . 1 6 . 청구인에게 한 취득세 등 계 7,263,458,190원의 경정청구 거부처분을 취소하여야 한다.
[이유]
1. 원 처분의 요지
가. 청구인은 2020. 7. 17. 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택1))을 건설ㆍ
임대2)하는 사업을 영위하기 위하여 설립한 부동산투자회사로, 같은 해 9. 25. 서울특별시 ㊁구 ㊂ 등 4필지3)(16,687㎡, 이하 “사업부지”라 한다)를 매입하고, 같은 날 그 매입금액 188,475,072,415원을 과세표준으로 하여 취득세 등 계8,669,853,310원4)을 신고ㆍ납부하였다.
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주1) ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조 제4호에 따른 주택
주2) 민간임대 635세대, 공공임대 161세대, SH 선매입 192세대 계 988세대
주3) 서울특별시 ㊁구 ㊂, ㊃ 및 ㊄, ㊅
주4) 취득세 7,539,002,890원, 지방교육세 753,900,280원, 농어촌특별세 376,950,140원
계 8,669,853,310원--------------------------------------------------------------
나. 청구인은 2020. 10. 29. 주소지 관할 서울특별시 ㊀구청장(이하 “㊀구청장”이라 한다)에게 신축 예정인 임대주택의 소재지, 주택 종류와 유형 등(이하 “임대목적물 관련 사항”이라 한다)을 기재하여 임대사업자 등록을 신청하였고, ㊀구청장은 같은 해 11. 4. 청구인에게 사업계획이 확정되지 않았다는 사유로 임대목적물 관련사항을 기재하지 않은 채 임대사업자 등록증을 교부하였다.
다. 청구인은 2020. 11. 13. 사업부지 중 임대주택의 부속토지(이하 “이 사건 토지”라 한다) 취득이 구 ｢지방세특례제한법｣(2020. 12. 29. 법률 제17771호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항(이하 “이 사건 감면규정”이라 한다)에 따른 취득세 감면대상에 해당한다는 사유로 기납부한 취득세 등5)의 100분의 856)인 7,263,458,190원을 감면해 달라며 경정청구를 하였다.
라. 처분청은 2020. 11. 16. 임대사업자 등록증에 임대목적물 관련 사항이 기재되어 있지 아니하여 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다는 사유로 경정청구 거부(이하 “이 사건 거부처분”이라 한다)를 하였다.
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주5) 이 사건 토지 관련 취득세 과세표준은 185,766,194,783원이고, 세액은 취득세 7,430,647,790원, 지방교육세 743,064,770원, 농어촌특별세 371,532,380원 계 8,545,244,940원임
주6) 구 ｢지방세특례제한법｣ 제177조의2에 따르면 취득세 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율을 적용하도록 되어 있음
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2. 심사청구의 취지와 이유
가. 청구 취지
이 사건의 청구 취지는 이 사건 거부처분을 취소하여 달라는 것이다.
나. 청구 이유
1) ㊀구청장이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “민간임대주택법”이라 한다)의 근거 없이 임대사업자 등록증에 임대목적물 관련 사항을 기재하기 위한 요건으로 제시한 ‘역세권 청년주택(공공지원민간임대주택) 사업계획 승인’은 통상1년 이상의 검토 기간이 소요되므로, 청구인이 사업부지 취득일부터 60일 이내 사업계획 승인을 받는 것은 현실적으로 불가능한데도, 처분청이 임대사업자 등록증에 임대목적물 관련 사항이 기재되지 않았다는 사유로 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다고 주장하는 것은 부당하다.
2) 사업계획이 확정된 자라 하더라도 사업계획승인권자로부터 변경 승인을 받아 사업계획을 변경할 수 있고, 사업계획의 확정 여부와 무관하게 토지 취득일부터 정당한 사유 없이 2년 이내 공동주택을 착공하지 아니하거나 임대 외의용도로 사용할 경우 구 ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제3항 등에 따라 감면된 취득세등을 추징할 수 있으므로, 사업계획 승인을 받은 자에 대해서만 이 사건 감면규정을 적용하는 것은 조세 평등의 원칙에 위배된다.
3) 이 사건 감면규정에 임대목적물 관련 사항의 등록요건이 추가7)된 입법취지가 ‘감면대상자의 명확화’라는 것을 고려할 때, 이 사건 감면규정은 임대주택의 사업계획이 확정된 자에 대해서가 아니라 임대목적 공동주택을 건설할 목적으로 토지를 취득한 임대사업자에 대하여 적용할 수 있고, 청구인이 임대주택을 건설하기위해 이 사건 토지를 취득하였다는 것은 국토교통부장관이 2020. 9. 23. 통보한 ‘청구인 영업인가 알림’, 서울특별시장이 같은 해 10. 28. 개최한 ‘역세권 청년주택사업계획 사전검토단 회의’ 등을 통해 객관적으로 확인되므로 이 사건 토지의 취득은 이 사건 감면규정의 적용대상에 해당한다.
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주7) 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정
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4) 임대사업자 등록요건을 정한 민간임대주택법 시행령 제4조 제1항 제3호에 따르면 ‘민간임대주택으로 등록할 주택을 취득하려는 계획이 확정되어 있지않은 자’로서 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사의 경우 사업계획 승인 등을 임대사업자 등록요건으로 별도로 요구하고 있지 않으므로,
㊀구청장이 부동산투자회사인 청구인에게 사업계획이 확정되지 않았다는 사유로 임대사업자 등록증에 임대목적물 관련 사항을 기재하지 않은 것은 위법하고, 처분청이 이를 근거로 이 사건 거부처분을 한 것은 부당하다.
5) 처분청은 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용한다고 하더라도 구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조에 따라 이 사건 감면규정과 구 ｢지방세특례제한법｣제180조의2 제1항 제1호에 따른 ‘중과세율 배제 특례’ 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하여야 한다고 주장하나, 이 사건 토지의 취득은 ｢지방세법｣ 제13조제2항 각 호 외의 단서와 ｢지방세법 시행령｣ 제26조 제1항 제31호에 따라 취득세표준세율이 적용되는 것일 뿐 취득세 중과세율이 적용되지 않으므로 중복 감면에 해당하지 않는다.
3. 처분청의 의견
가. 토지 취득 후 60일 이내 사업계획 승인을 받는 것이 반드시 불가능하다고 볼 수 없고, ㊀구청장은 청구인이 임대목적물의 취득계획인 사업계획을 확정하지 않아 임대목적물 관련 사항을 기재할 수 없었을 것이며, 8) 처분청은 청구인이 해당 기간 내에 임대용 부동산을 목적물로 등록하지 못하였기에 이 사건 토지에 대하여 이 사건 감면규정을 배제한 것이므로, 이는 자기책임의 원칙에 반한다고 볼 수없다.9)
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주8) 국토교통부 민간임대정책과(2020. 11. 30.)
주9) 서울행정법원 2020. 6. 4. 선고 2019구합72366 판결
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나. 그렇지 않다 하더라도 이 사건 토지의 취득은 이 사건 감면규정과 구｢지방세특례제한법｣ 제180조의2 제1항 제1호에 따른 ‘중과세율 배제 특례’를 동시에 적용받게 되는 중복 감면에 해당하므로 같은 법 제180조에 따라 감면율이 높은 것 하나만을 적용하여야 하고, 이 사건 감면규정을 적용할 경우 [표 1]과 같이 취득세 등 경정세액은 2,688,181,830원이 되어 청구인에게 환급해야 할 세액은 5,981,671,470원이다.
4. 우리 원의 판단
가. 다툼
이 사건의 다툼은
① 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 수 있는지 여부,
② 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 경우 중복감면에 해당하는지 여부이다.
나. 인정사실
이 사건 관련 기록 등을 검토해 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.
1) 청구인은 2020. 7. 17. 설립하여 같은 해 7. 30. 국토교통부장관에게 부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사의 영업인가를 신청하였다.
2) 국토교통부장관은 2020. 9. 23. 청구인의 주요 투자대상 및 운용방법을 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택)을 신축10)한 후 임대 운영하는 것으로 하고, 서울특별시장으로부터 역세권 청년주택 촉진지구 지정 승인을 받지 못하여 자산취득이 90일 이상 지연되는 경우 지체 없이 국토교통부장관에게 보고하여 변경인가를 신청하거나 해산하는 내용 등을 조건으로 하여 영업인가를 하였다.
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주10) 영업인가 신청서에 첨부된 사업계획서에 따르면 개발계획은 확정사항이 아니라 추후 변경될 수 있다고 되어 있음
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3) 청구인은 2020. 9. 25. 사업부지를 188,475,072,415원에 매입하고, 같은 날 취득세 등 계 8,669,853,310원을 신고ㆍ납부하였다.
4) 청구인은 2020. 11. 13. 이 사건 토지의 취득이 이 사건 감면규정 적용대상에 해당한다는 사유로 취득세 등 계 7,263,458,190원을 환급해 달라며 경정청구를 하였으나, 처분청은 같은 해 11. 16. 청구인이 이 사건 토지의 취득일부터 60일 이내에 임대목적물 관련 사항을 등록하지 아니하여 이 사건 감면규정을 적용할 수 없다는 사유로 이 사건 거부처분을 하였다.
5) 서울특별시의 역세권 청년주택사업 설명자료인 “역세권 2030 청년주택” (2019년 4월)에 따르면 사업추진 절차는 [그림]과 같다.
6) 청구인의 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택) 사업 추진 경위는 [표 2]와 같다.
7) 청구인의 임대사업자 등록 경위는 다음과 같다.
가) 청구인은 2020. 8. 28. ㊀구청장에게 임대사업자 등록을 신청할 경우 민간 임대주택법 시행규칙 [별지 제3호 서식]에 따른 임대사업자 등록증을 발급받을 수 있는지 여부를 질의하였고, ㊀구청장은 같은 해 9. 3. 청구인에게 부동산투자회사의 경우 주택 소유와 관계없이 부동산투자회사 영업인가증과 임대사업자 등록신청서를 제출함으로써 임대사업자 등록이 가능하다고 회신하였다.
나) 청구인은 2020. 10. 29. ㊀구청장에게 사업부지에 신축 예정인 공공지원 민간임대주택을 임대목적물로 하여 임대사업자 등록을 신청하였고, 처분청은 같은 해 11. 4. 청구인에게 임대목적물 관련 사항을 기재하지 않은 채 임대사업자 등록증을 발급하였다.
다) 청구인은 2020. 11. 12. 국토교통부장관에게 부동산투자회사가 주택취득 계획을 확정하기 이전에 임대목적물 관련 사항을 기재하여 임대사업자 등록이 가능한지 여부 등에 대하여 질의하였고, 국토교통부장관은 같은 해 11. 30. 청구인에게 임대주택 사업계획이 확정되지 않은 경우 목적물의 용도, 세대수, 면적 등을 임대사업자 등록증에 기재할 수 없으므로 임대목적물 관련 사항을 기재하여 임대사업자 등록을 하는 것은 불가하다고 회신하였다.
8) ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제1항의 개정 경위는 다음과 같다.
가) 국회 안전행정위원회의 “｢지방세특례제한법｣ 일부개정법률안 심사보고서” (2016년 12월)에 따르면 이 사건 감면규정 대상자를 임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 ‘임대사업자로 등록한 경우’에서 ‘해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우’로 개정하여 감면대상자를 명확히 한다고 되어 있다.11)
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주11) 2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정
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나) “2021년 경제정책방향”(관계부처 합동, 2020. 12. 17.)에 따르면 임대주택 사업계획 승인을 득한 토지를 임대목적물로 인정하고 있으나, 사업계획 승인에 1년 내외가 소요되어 취득세 감면이 실질적으로 곤란하므로 건설임대용 토지취득인 경우 사업계획 승인일부터 60일 이내에 임대목적물로 등록 시 취득세를 감면하도록 2021년 상반기 중 ｢지방세특례제한법｣ 개정을 추진하는 것으로 되어 있다.
다) 2021. 12. 28. ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제1항이 개정12)되어 건설 임대 주택용 토지의 취득세를 감면받기 위해 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록하여야 하는 시점이 ‘임대용 부동산 취득일부터 60일 이내’ 에서 ‘사업계획 승인 등을 받은 날부터 60일 이내로서 토지 취득일부터 1년 6개월이내’로 변경되었다.
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주12) 2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정
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다. 관계 법령
이 사건과 관계되는 법령은 구 ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제1항 제1호 등
[별지] 기재와 같다.
라. 판단
1) 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 수 있는지 여부
구 ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제1항 제1호에 따르면 민간임대주택법에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다)가 임대할 목적으로 전용면적 60㎡이하인 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세를 면제하도록 되어 있다.
구 ｢지방세특례제한법｣ 제31조 제1항 단서 및 제3항 제2호에 따르면 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 지방세 감면대상에서 제외하고, 일정 기간13) 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하여 임대사업자 등록이 말소된 경우에는 감면된 취득세를 추징하도록 되어 있다.
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주13) 민간임대주택법 시행령 제5조 제1항 제5호에 따르면 부동산투자회사의 ‘일정 기간’은 임대사업자로 등록한 날 부터 6년임
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민간임대주택법 제5조와 같은 법 시행령 제4조 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제2조 제1항 제5호에 따르면 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 공공지원민간임대주택을 임대하려는 부동산투자회사는 임대사업자 등록신청서에 부동산투자회사 영업인가증 사본을 첨부하여 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있도록 되어 있다.
한편, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석 혹은 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해하지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다.14)
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주14) 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결
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위 관계 법령 및 법리와 인정사실 등에 비추어 이 사건 토지의 취득에 대하여 이 사건 감면규정을 적용할 수 있는지 여부를 살펴보면,
① 청구인은 사업부지취득일부터 60일 이내에 임대주택의 소재지, 주택의 구분 및 종류, 주택 취득계획에 따른 유형, 전용면적 등을 기재하여 임대사업자 등록을 신청한 점,15)
②건설임대용 토지 취득의 경우 사업계획 승인에 1년 내외가 소요되므로 사업계획승인을 취득세 감면요건으로 한다면 취득세 감면이 실질적으로 불가능하게 되는 점,
③ 청구인은 2020. 8. 20. 서울특별시장에게 역세권 청년주택 공급촉진지구 지정 및 주택사업계획 승인을 위한 사전검토를 신청하였고, 같은 해 9. 23. 국토교통부장관으로부터 부동산투자회사의 영업 인가를 받아 이 사건 토지를 취득한 것 등으로 볼 때, 역세권 청년주택을 건축하여 임대하는 것을 목적사업으로 하면서 임대주택건설사업 준비를 하고 있었던 것으로 보이는 점,
④ 국토교통부 장관은 청구인에게 부동산투자회사 영업인가를 하면서 청구인의 주요 투자대상
및 운용방법을 ‘사업부지에 역세권 청년주택(공공지원민간임대주택)을 개발 후 임대운영’하는 것으로 특정한 점,
⑤ 청구인은 2022. 7. 1. 주택사업계획을 승인받았고 같은 해 9. 23. 처분청으로부터 역세권 청년주택 착공신고필증을 교부받아 심리일 현재 전용면적 60㎡ 이하의 임대주택 건설공사를 하고 있는 점,
⑥ 처분청은 청구인이 민간임대주택 시공 및 취득에 관한 국토교통부장관의 영업인가 조건을 준수하지 않아 법인 자체가 해산된 경우와 일정 기간 안에 민간임대주택을 취득하지 아니하여 임대사업자 등록이 말소된 경우 그리고 이 사건 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우에는 감면된 취득세를 추징할 수 있으므로 청구인에게 취득세 감면 혜택을 부여한다고 하여 민간임대주택의 공급 확대 등을 위해 세제혜택을 부여한 민간임대주택법제4조의 취지가 어긋나지 않는 점 등을 종합적으로 고려할 때 이 사건 토지의 취득에 대하여 이 사건 감면규정을 적용하는 것이 부당하다고 보기 어렵다.
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주15) 청구인은 ㊀구청장이 임대목적물 관련 사항을 기재하지 않은 채 ‘임대사업자 등록증’을 발급한 것이 위법하다는 사유로 소송을 제기하여 심리일 현재 상고심(대법원 ㊆)이 진행 중임. 위 소송은 임대사업자로서의 불완전한 등록의 외관을 취소하고 완전한 등록을 갖춤으로써 그 법률상 지위에 대한 불안을 제거하는 데 소의 이익이 있고, 이 사건 심사청구는 취득세 경정청구에 대한 거부처분을 다투고 있는 사안임
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2) 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 경우 중복 감면에 해당하는지 여부
｢지방세법｣ 제11조 제1항 제7호 나목에 따르면 유상거래를 원인으로 취득한 농지 외의 부동산에 대한 취득세는 1천분의 40의 표준세율을 적용하도록 되어 있다.
｢지방세법｣ 제13조 제2항과 같은 법 시행령 제26조 제1항 제31호에 따르면 ｢수도권정비계획법｣ 제6조에 따른 과밀억제권역에서 법인을 설립하는 등에 따라 과밀억제권역의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용하되, 민간임대주택법 제5조에 따라 등록을 한 임대사업자가 경영하는 주택임대사업에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득 하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 표준세율을 적용하도록 되어 있다.
구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2에 따르면 ｢부동산투자회사법｣ 제2조 제1호에 따른 부동산투자회사가 취득하는 부동산에 대해서는 ｢지방세법｣에 따른 취득세를 과세할 때 2021. 12. 31.까지 같은 법 제13조 제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 않도록 되어 있다.
구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조 본문에 따르면 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만을 적용하도록 되어 있다.
위 관계 법령 및 인정사실 등에 비추어 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용할 경우 중복 감면에 해당하는지 여부를 살펴보면, 처분청은 이 사건 토지의 취득에 대하여 취득세 중과세율 적용을 배제한 근거가 구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2에 따른 것이라고 주장하나, 주택임대사업에 직접 사용할 목적으로 취득한 이 사건 토지는 ｢지방세법｣ 제13조 제2항 등에 따라 중과세율이 아닌 1천분의 40의 표준세율이 적용되고 구 ｢지방세특례제한법｣ 제180조의2를 적용할 대상이 아니므로 이 사건 토지의 취득에 이 사건 감면규정을 적용하더라도 중복 감면에 해당하지 않는다.
라서 이 사건 토지의 취득은 이 사건 감면규정 적용대상에 해당하고, 그 취득세 산출 시 이 사건 감면규정과 ｢지방세법｣ 제11조 제1항에 따른 표준세율을 동시에 적용하더라도 중복 감면에 해당하지 아니하므로 이 사건 거부처분은 잘못이 있다.
5. 결론
그렇다면 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항에 따라 주문과 같이 결정한다. |
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
