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  조세조약 및 신뢰보호를 이유로, 외국납부세액공제 및 법인세 이월세액공제가 반영된 법인지방소득세로 감액경정되어야 한다는 청구주장의 당부
관리자 2022-05-02 오후 5:40:17   조회:910
[결정요지]
이 건 부칙의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월세액공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월세액공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다

[참조조문]
지방세법 제103조의19, 제103조의22

[주문]
심판청구를 기각한다.

[이유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 「지방세법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정후 지방세법”이라 한다)에 따라 「법인세법」상 외국납부세액공제 및 「조세특례제한법」상 연구개발비 등에 대한 이월세액공제를 적용하지 아니하고 2015․2016사업연도 법인지방소득세(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)를 신고‧납부하였다.

나. 이후 청구법인은 이 건 지방소득세에 대하여 조세조약 및 개정후 지방세법 부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다) 등에 따라 외국납부세액공제 및 이월세액공제를 적용해 달라는 취지로 <별지 1>과 같이 이 건 지방소득세에 대하여 2021.4.29. 경정청구를 제기하였고, 처분청들은 이를 거부하거나 경정청구 결과를 통지하지 아니하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.7.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 지방세 관계법령에서 외국납부세액공제에 대하여 별도의 규정을 두지 아니하였다 하더라도 이중과세방지를 위한 조세조약이 체결되어 있는 경우 당해 조약은 국내법과 동일한 효력을 갖게 되는 것이므로 이러한 조약을 근거로 외국납부세액을 지방소득세 산출세액에서 공제하는 것이 타당하다 하겠다.

(2) 이 건 부칙에서 규정하고 있는 일반적 경과조치는 납세자들에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고,청구법인은 외국납부세액 및 연구개발비 등을 지출함에 있어 법인세법령에 따른 세액공제 외에 법인지방소득세에 대해서도 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다 할 것인바, 비록 종전 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환하여 법인세 세액공제 규정이 배제되었다고 하더라도 이는 종전의 세액공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없으므로 이 건 지방소득세를 산정함에 있어 외국납부세액 및 이월세액에 대한 공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것임에도 처분청들이 이를 인정하지 아니하고 이 건 지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청들 의견
(1) 법인세의 외국납부세액 공제에서 외국에서 기 납부한 법인세뿐만 아니라 지방세도 포함되어 있으므로 법인지방소득세에서 외국납부세액에 대한 공제를 한다면 이는 이중 공제에 해당할 뿐만 아니라 지방세관계법령에서 외국납부세액에 대한 공제 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 2014.1.1. 이전에는 「지방세법」상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 외국납부세액공제 및 이월공제가 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 그 세액공제의 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령상 법인지방소득세 세액공제 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었고, 법인세 세액공제액을 개정된 이 건 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
조세조약 및 신뢰보호를 이유로, 외국납부세액공제 및 법인세 이월세액공제가 반영된 법인지방소득세로 감액경정되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지 2> 기재 - 별지생략

다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 청구법인은 OOO 등을 생산하는 자동차 부품 전문 제조업을 영위하는 법인으로 2014.9.1. 주식회사 AAA로부터 인적분할의 방법으로 설립되었다.

(나) 청구법인은 2015 및 2016사업연도 법인세 신고시 외국납부세액 및 2014년 이전에 발생한 연구개발비 등(이하 “이 건 연구비 등”이라 한다)에 대한 이월세액에 대하여 세액공제를 적용받았으나, 법인지방소득세는 세액공제를 적용하지 아니하였다.

(다) 청구법인은 2021.4.29. 외국납부세액 및 법인세 이월공제액의 10%를 2015‧2016사업연도 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 경정하여야 한다고 주장한다.

(라) 개정후 지방세법의 시행으로 지방소득세 산출방식의 변경 내역은 아래 <표>와 같다.

○○○

(마) 개정 법률의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다.

(바) 개정 법률이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 「지방세법」 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 「지방세법」의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 「지방세특례제한법」 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.
(가) 청구법인들이 이 건 외국납부세액을 납부한 외국정부들과 우리나라 정부 간에 체결한 각 조약에서는 국내법령에 따라 외국납부세액공제를 허용하도록 정하고 있을 뿐 그 구체적인 방법을 마련하고 있는 것은 아니므로 위 조약만을 근거로 하여 외국납부세액공제를 적용하기는 어렵고, 법인지방소득세의 경우 외국납부세액공제을 적용할 수 있도록 「지방세특례제한법」 등 국내법에서 근거를 마련하고 있지 아니하여 조세조약 및 현행 법령으로는 법인지방소득세 산정시 외국납부세액을 적용하기 어렵다 하겠으므로, 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 또한, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점,2014.1.1. 개정 전 「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 점, 이 건 부칙의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월세액공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월세액공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.


<별지 1> 사건번호별 처분청 및 심판청구 내역 - 생략
<별지 2> 관련 법령 - 생략
 
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