조세심판원 결정사례
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> 판례,사례등 > 최신판례_20160717
  ① 학교용지부담금을 취득가격에 포함시켜 취득세 등을 부과한 이 사건 처분의 위법여부 // ② 이 사건 처분의 소급과세금지원칙 여부 // ③ 이 사건 처분의 가산세 면제사유 존재 여부
관리자 2019-07-12 오전 10:00:51   조회:62
 [판결요지]
학교용지부담금은 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용에 해당하는 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당하여 취득세의 과세표준에 학교용지부담금을 포함시켜서 취득세를 부과하는 것 자체가 위법하다고 볼 수는 없지만 비과세관행의 성립 및 비과세관행의 변경등에 의한 이 사건 처분을 하였는바, 이는 원고가 지방세법 시행령 제18조 제1항의 해석과 관련하여 지방세기본법 제20조 제3항에서 정한 소급과세금지 원칙에 위반된다고 할 것임.

【주문】처분청패소
상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다.

【이유】
이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정된다. 이에 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대구고등법원 2019. 2. 1. 선고 2018누4091 판결】

【주문】 처분청패소
1. 피고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】
1. 제1심판결의 인용
이 사건에 관한 이 법원의 판결이유는, 피고가 이 법원에서 거듭 강조하는 아래와 같은 주장에 대한 판단을 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단
가. 피고의 주장 요지
2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되어 2010. 1. 1.부터 시행된 「지방세법 시행령」제82조의2 제1항에서 종전 규정과 달리 ‘농지보전부담금, 대체산림조성비 등 관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용’을 취득세의 과세표준 취득가격에 포함되는 간접비용으로 예시하고 있으므로, 위 지방세법 시행령이 시행된 이후부터는 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함시키지 않는 비과세관행이 변경되거나 소멸되었다고 보아야 한다. 피고는 위와 같이 지방세법 시행령이 개정되어 시행된 2010. 1. 1. 이후에도 2015. 12. 11. 행정자치부가 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 유권해석이 있기 전까지는 학교용지부담금을 취득세 과세표준인 취득가격에 포함하여 취득세 등을 부과하지 않은 사실은 있지만, 이는 단순한 과세대상의 누락 내지 간과가 일정 기간 지속된 것에 불과하므로, 행정자치부의 위와 같은 유권해석이 있기 전까지 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하지 않는 비과세관행이 유지되고 있었다고 볼 수는 없다.

나. 판단
이 법원이 인용하는 제1심판결이 들고 있는 사정들에다가 갑 제7 내지 10호증의 각 기재에 변론의 전체 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 행정자치부가 2015. 12. 11. 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하여야 한다는 유권해석을 하고, 이를 각 과세관청에 전파하여 과세실무를 운영하기 전까지는 여전히 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하지 않는 비과세관행이 유지되고 있었다고 봄이 타당하므로 피고의 위 주장은 옳지 않다.

① 2010. 1. 1. 개정된 「지방세법 시행령」제82조의2의 개정이유는 과세권자의 자의적인 해석에 따라 취득과 관련 없는 비용까지 취득가액에 포함되어 과세되는 사례가 있어 판례·세정운영 사례 등을 종합하여 취득가격의 적용 범위를 명확히 하고자 하는 데 있을 뿐, 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함되지 않던 학교용지부담금 등(관계법령에 따라 의무적으로 부담하는 간접비용)을 새롭게 취득세의 과세표준인 취득가격에 포함하고자 하는 데 있지 않다. 따라서 위와 같이 「지방세법 시행령」제82조의2가 개정되어 시행되었다는 사정만으로 종전에 유지되던 비과세관행이 변경되거나 소멸되었다고 볼 수 없다.

② 일단 성립한 비과세관행이 더 이상 유효하지 아니하다고 하기 위해서는 종전의 비과세관행을 시정하여 앞으로 당해 과세물건에 대하여 과세하겠다는 과세관청의 확정적인 의사가 표시되어야 하며, 그러한 의사표시는 반드시 전체 과세관청에 의하여 이루어지거나 처분 또는 결정과 같이 구체적인 행정작용을 통하여 이루어질 필요는 없지만, 적어도 공적 견해의 표명으로서 그로 인하여 납세자가 더 이상 종전의 비과세관행을 신뢰하는 것이 무리라고 여겨질 정도에 이르러야 한다(대법원 2011.5.13. 선고 2008두18250 판결 등 참조). 그런데 피고 스스로 인정하고 있는 바와 같이 피고는 위 지방세법 시행령 개정 이후에도 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하여 과세하지 않았다.
또 ‘경기도 2015 법인 세무조사 업무 매뉴얼’에 건물을 취득하는 경우 학교용지부담금은 취득세 과세표준에서 제외하는 것으로 기재되어 있는 점과 ▲▲▲▲시에서 2016. 3.경 작성한 ‘학교용지부담금 등 취득세 누락세원 발굴계획’에도 ▲▲▲▲시가 그 동안 ‘학교용지부담금은 아파트 신축과 직접적인 관련이 없는 것으로 보아 취득세 과세표준에 포함하지 않는 것으로 운영하였다’는 취지로 기재되어 있는 점 등에 비추어, 피고뿐만 아니라 대부분의 과세관청 역시 위 지방세법 시행령 개정 이후에도 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하지 않는 관행을 유지하였던 것으로 보인다.

③ 을 제4, 5호증의 기재에 의하면, ▲▲▲▲시가 2015. 11.경 ■■물산 주식회사로부터 신고 누락한 학교용지부담금에 해당하는 취득세를 추징한 사실, ●●●●●● 주식회사가 2011. 9.경, △△빙고주택조합이 2012. 12.경 ▲▲▲▲시 ▽▽구청장에게 신축한 공동주택의 취득세 과세표준에 학교용지부담을 포함하여 신고·납부한 사실은 인정된다. 그러나 이 사건 취득세의 납세의무 성립일(이 사건 공동주택은 2015. 8. 28. 준공인가되었다) 이후인 2015. 11.경에 ▲▲▲▲시가 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하여 과세한 사례가 있다거나 ▲▲▲▲시 ▽▽구청장에게 일부 납세의무자가 학교용지부담금을 취득세 과세표준에 포함하여 신고하였다는 제한적이고 예외적인 사정만으로, 이 사건 공동주택에 관한 취득세 납세의무 성립 이전에 종전의 비과세관행을 번복하는 내용의 확정적인 의사를 표시하였다거나, 납세자들이 더 이상 종전의 비과세관행을 신뢰하는 것이 무리라고 여겨질 정도에 이르렀다고 볼 수 없다.
3. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-대구지방법원 2018. 7. 19. 선고 2018구합20544 판결】
【주문】 처분청패소
1. 피고가 2017. 6. 1. 원고에 대하여 한 취득세 81,267,050원, 지방교육세 4,279,570원, 농어촌특별세 2,076,450원의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】
1. 처분의 경위
가. 원고는 □□광역시 ◆◆동1가 249-139번지 일대(이하 ‘이 사건 사업부지’라 한다)의 주택재건축사업을 시행하기 위해 2006. 12. 22. 설립된 조합이다.

나. 원고와 시공사인 롯데건설 주식회사는 공동으로 2013년경부터 이 사건 사업부지 위에 공동주택(◆◆롯데캐슬더퍼스트아파트, 15개동, 979세대) 및 부대복리시설 · 근린생활시설을 신축하였다(이하 이를 통틀어 ‘이 사건 공동주택’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 공동주택 신축과 관련하여 피고에게 2013. 7. 24.경 2,273,542,450원, 2013. 11. 28.경 3,024,690원, 총 2,276,567,140원의 학교용지부담금(이하 ‘이 사건 학교용지부담금’이라 한다)을 납부하였다.

라. 원고는 2015. 10. 27.경 피고에게, 이 사건 공동주택의 취득과 관련하여 이 사건 학교용지부담금이 취득가액의 범위에서 제외된다고 보고 이를 기초로 산정한 취득세 3,621,303,830원, 지방교육세 206,931,640원, 농어촌특별세 100,430,390원을 신고·납부하였다.

마. 그런데, 피고는 2017. 5.경 원고에게 원고가 신고·납부한 위 취득세에는 학교용지부담금도 과세표준에 포함시켜야 함에도 이를 누락하였다며 누락된 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 과세하겠다는 취지의 과세예고통지를 한 다음, 2017. 6. 1. 원고에 대하여 학교용지부담금 2,276,567,140원을 추가로 과세표준으로 삼아 취득세 81,267,050원(가산세 포함), 지방교육세 4,279,570원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,076,450원(가산세 포함)을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 7. 19. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2017. 11. 14. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.
사. 이 사건 처분에 관계된 법령은 별지 기재와 같다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장 요지
이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
1) 처분사유의 부존재
학교용지부담금은, 취득의 대상이 아닌 물건(학교용지)에 대한 비용으로서, 이 사건 공동주택을 ‘분양’하기 위하여 지출하는 비용일 뿐, 이 사건 공동주택을 ‘취득’하기 위하여 부담하는 비용이라고 볼 수 없으므로 취득세 등의 과세표준인 취득가격에 포함되지 않는다고 할 것인바, 학교용지부담금을 취득가격에 포함시켜 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 소급과세금지원칙 위반
피고는 이 사건 처분 이전에는 학교용지부담금을 취득가격에 포함하지 않은 채 취득세 등을 징수하여 왔다. 이에 따라 원고는 학교용지부담금을 취득가격에 포함하지 않고 취득세 등을 신고·납부하였다. 그런데 피고는 그 후 2015. 12. 11. 지방세법 시행령에서 정하고 있는 취득가액의 범위에 관한 행정자치부의 유권해석이 있은 후 종전과 달리 학교용지부담금을 공동주택의 과세표준에 해당하는 취득가격에 포함시켜 취득세를 징수하는 것으로 해석을 변경하고, 그 전에 있었던 원고의 이 사건 공동주택 취득에 대하여 소급하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 「지방세기본법」제20조 제3항에서 정한 소급과세금지원칙을 위반한 것으로서 위법하다.

3) 가산세 면제사유 존재
피고는 종전의 세법해석을 변경하여 이 사건 처분을 하였다. 원고로서는 학교용지부담금이 공동주택 취득세 등의 과세표준에 포함되지 않는다고 보았던 과세관청의 종전의 세법해석을 신뢰할 수밖에 없었는바, 피고가 위와 같이 세법해석을 변경하기도 전에 원고가 학교용지부담금을 공동주택 취득세 과세표준에 포함하여 취득세 납부의무를 이행할 것을 기대할 수는 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 가산세 면제사유가 존재하여 위법하다.

나. 판 단
1) 취득세의 과세표준인 취득가격의 범위에 관한 규정
이 사건 공동주택의 건축 무렵에 적용되던 구 지방세법 시행령(2016. 4. 26. 대통령령 제27102호로 개정되기 전의 것) 제18조 제1항은 취득세의 과세표준인 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 한다고 규정하면서, 농지법에 따른 농지보전부담금, 산지관리법에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용(제3호) 등을 취득가격에 포함되는 간접비용으로 규정하고 있다(위 규정은 2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 구 「지방세법 시행령」제82조2 제1항에도 같은 취지로 규정되어 있었고, 현행 지방세법 시행령과도 동일한 내용이다).
위와 같은 구 지방세법 시행령 관련 규정의 내용 및 체계 등에 비추어 알 수 있는 다음의 사정들 즉,

① 위 규정상 취득가격에는 간접비용을 포함하고 있는데, ‘농지보전부담금’, ‘대체산림자원조성비’는 예시적인 것으로 보이는 점,

② 학교 용지 부담금은 학교용지 확보 등에 관한 특례법에 근거한 것으로 공동주택에 부과된 학교용지부담금을 납부하지 않고서는 그 사용승인을 받지 못하게 되어 사실상 납부가 의무화되어 있는 점,

③ 학교용지부담금은 개발사업의 시행으로 인하여 예상되는 학교용지의 확보 또는 기존 학교의 증축이라는 공익사업에 필요한 재원을 그 원인자인 개발사업의 시행자에게 부담하게 하는 데 그 도입취지가 있으므로, 그 성격상 간접비용으로 볼 여지가 많은 점 등을 감안하면, 학교용지부담금은 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용에 해당하는 취득가격에 포함되는 간접비용에 해당한다고 볼 수 있다.
따라서 취득세의 과세표준에 학교용지부담금을 포함시켜서 취득세를 부과하는 것 자체가 위법하다고 볼 수는 없다.

2) 비과세 관행의 성립
그런데, 갑 제2, 6 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면,
① 행정자치부는 2005. 1. 26. ‘개인이 공동주택을 취득하는 경우 학교용지확보에 관한 특례법 제5조에 의거 공동주택 등을 분양받는 자에게 부과되는 학교용지부담금은 「지방세법 시행령」제82조의3 제1항에서 규정한 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 취득가격이 아니라, 취득의 대상이 아닌 물건(학교용지)에 대한 비용을 분담한 것이므로 취득시기 이전에 제3자에게 지급한 것이라 하더라도 이는 취·등록세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다’고 하여 학교용지부담금은 취득세 과세표준 취득가격에 포함되지 않는다고 유권해석을 한 사실(행정자치부 2005. 1. 26.자 세정-429 질의회신),

② 감사원 역시 2009. 6. 25. ‘행정자치부의 회계예규, 질의·회시 등에 따르면 공동주택 신축과 관련한 사업비 중 학교용지부담금, 등록세·종합토지세, 전력인입공사비·상수도인입공사비, 조경공사비, 견본주택 관련 비용, 분양대행비, 광고선전비, 중도금대출이자 등은 건축물 신축을 위한 비용으로 볼 수 없어 취득세 등의 과세표준에 포함되지 않는 것으로 되어 있다‘고 판단한 사실(감사원 2009. 6. 25.자 감심 2009-143 심사결정),

③ 이에 피고를 비롯한 과세관청들은 구 지방세법 시행령에서 정한 취득세 과세표준과 관련한 취득가격의 범위에 관하여 위와 같은 행정자치부와 감사원의 입장을 근거로 적어도 2015. 12월 말경까지 학교용지부담금을 공동주택의 취득세 과세표준에서 제외하여 왔던 사실,

④ 서울시에서 2016. 3.경 작성한 ‘학교용지 부담금 등 취득세 누락세원 발굴계획’(갑 제7호증)에도, 서울시가 그 동안 ‘학교용지부담금은 아파트 신축과 직접적인 관련이 없는 것으로 보아 취득세 과세표준에 포함하지 않는 것으로 운영하였다’는 취지로 기재되어 있고, ‘경기도 2015 법인 세무조사 업무 매뉴얼’(갑 제6호증) 역시 건물을 취득하는 경우 학교용지부담금은 취득세 과세표준에서 제외하는 것으로 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실들을 종합하면 공동주택의 취득과 관련하여 피고를 비롯한 과세관청들이 2005. 1.경 이후 2015. 12. 말경에 이르기까지 상당한 기간에 걸쳐 학교용지부담금을 취득세 과세표준 취득가격에서 제외하고 이를 기초로는 과세하지 아니하는 비과세관행이 성립되어 있었다고 봄이 타당하다.

3) 비과세 관행의 변경
갑 제7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 행정자치부는 2015. 12. 11. ‘부동산 취득 과정에서 지급한 학교용지부담금은 「지방세법 시행령」제18조 제1항이 규정한 취득세 과세표준이 되는 취득가격에 해당한다’는 유권해석(이하 ‘이 사건 유권해석’이라 한다)을 하고, 그 무렵 이를 피고를 비롯한 과세관청들에게 전파하여 해당 사항에 대한 조사, 과세를 의뢰하였으며, 그 이후부터 신축되는 공동주택에 대하여는 과세관청들이 학교용지부담금을 취득세의 과세표준에 포함하여 신고·납부하는 실무가 정착되어 있는 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 비과세관행은 「지방세법 시행령」제18조 제1항에 관한 유권해석을 변경하여 이를 실무 관청을 통해 전파할 무렵인 2015. 12. 말경에는 소멸되었다고 봄이 상당하다.
달리 행정자치부가 2015. 12. 11. 이 사건 유권해석을 통하여 학교용지부담금도 취득세의 과세표준으로서 취득가격에 포함된다는 점을 명확히 하기 전에 과세관청이 종전의 비과세관행을 번복하는 내용의 확정적인 의사를 표시하였다거나, 납세자들이 더 이상 종전의 비과세관행을 신뢰하는 것이 무리라고 여겨질 정도의 사정이 있는 등 이보다 앞서 비과세관행이 소멸되었다고 볼 만한 자료가 없다.

4) 원고의 신뢰 및 소급과세 원칙 위반
앞서 본 바에 의하면, 위와 같은 비과세관행이 원고가 이 사건 공동주택에 관한 취득세를 신고·납부할 무렵에는 행정자치부의 질의·회시나 감사원의 심사결정을 통해 세금 관련 실무계에 널리 알려져 있었던 것으로 보이고, 원고가 이 사건 공동주택에 관하여 학교용지부담금을 취득세 과세표준 취득가격에서 제외한 점에 비추어 보면, 원고로서도 위와 같은 행정자치부의 유권해석이나 비과세관행을 알고 이를 신뢰하고 위와 같이 취득세를 신고·납부한 것으로 미루어 짐작되며, 달리 원고의 이와 같은 신뢰에 어떠한 과실이 있다는 증거가 없다.
그런데, 피고는 2015. 12. 11. 이전에 이미 건축이 완료되고 취득세 신고·납부가 완료된 원고의 이 사건 공동주택 취득사실에 대하여 1년 6개월여가 지난 2017. 5.경에 이르러 원고의 취득세 신고가 잘못되었음을 지적하고 이 사건 학교용지부담금을 취득세 과세표준 취득가격에 포함시켜 2017. 6. 1.자로 이 사건 처분을 하였는바, 이는 원고가 「지방세법 시행령」제18조 제1항의 해석과 관련하여 「지방세기본법」제20조 제3항에서 정한 소급과세금지 원칙에 위반된다고 할 것이다.

5) 소결론
따라서 이 사건 처분은 결과적으로 소급과세금지 원칙을 위반하여 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
 
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658   구 지방세특례제한법상 제178조 제1호 소정의 추징처분에 대한 당부 관리자 36
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655   이 사건 부담금이 지목변경으로 인한 간주취득세의 과세표준이 되는 토지의 지목변경에 든 비용에 해당하는지 여부 관리자 56
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653   이 사건 가산금 채권이 비면책채권인 조세에 해당하는 지 여부와 이 가산금의 납세의무자가 파산관재인인지 여부 관리자 51
652   ① 학교용지부담금을 취득가격에 포함시켜 취득세 등을 부과한 이 사건 처분의 위법여부 // ② 이 사건 처분의 소급과세금지원칙 여부 // ③ 이 사건 처분의 가산세 면제사유 존재 여부 관리자 62
651   ①이 사건 학교용지부담금이 취득세 과세표준에 포함되는 지 여부 // ②소급과세금지의 원칙에 반하는 지 여부 // ③가산세 면제사유의 존부 관리자 59
650   쟁점금액을 취득세 과세표준에 포함시켜 한 이 사건 처분의 적법여부 관리자 39
649   이 사건 토지 및 신축건물을 어린이집 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 어린이집의 대표자를 변경한 경우 면제된 취득세 추징 사유에 해당되는지 여부 관리자 95
 
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