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과세대장상의 지목을 근거로 한 등록세 부과
행자부 제2002-258호 2002. 6. 24
【주문】
청구인의 심사청구를 기각한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
처분청은 청구인이 1998.11.18. ○○북도 ○○시 ○○동 234-1번지 전2,601㎡(이하 “이 사건 토
지”라 한다)를 취득 등기하면서 그 취득가액(362,500,000원)에 지방세법 제131조 제1항제3호 (1)
목의 세율(1,000분의10)의 세율을 적용하여 산정한 등록세 등을 신고납부하였으나, 그 후 세무조사
결과 이 사건 토지의 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 잡종지이므로 농지에 대한 등록
세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 것은 잘못이라고 보아 그 취득가액에 지방세법 제131조제1
항제3호 (2)목의 세율(1,000분의 30)의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감
한 등록세 8,700,000원, 교육세 1,595,000원, 합계 10,295,000원(가산세 포함)을 2001.12.6. 부과고지
하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인이 이 사건 토지를 등기할 당시 공부상의 지목이 전으로 되어 있었을 뿐만 아니라 실제 이
용현황도 전으로 사용되고 있었으며, 토지의 사용 용도는 수시로 ‘변하는 것인데도, 처분청이 일
방적으로 등기 당시 이용현황을 확인하지 아니한 채 등기일로부터 3년이 경과하여 종합토지 세
과세대장상의 지목이 잡종지이었다는 사유로 등록세를 추가로 부과고지한 처분은 부당하다고 주
장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 토지에 대한 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목과 공부상 지목
이 상이한 경우 과세대장상의 지목을 근거로 등록세를 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한
것이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제131조 제1항제3호 (1)목 및 제(2)목에서 상속과 무상으로 인한
소유권 취득 이외의 부동산 소유권 취득의 경우 농지는 1,000분의 10의 세율을, 그 이외에는 1,000
분의 30의 등록세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법시행령 제89조제2항에서 법 제131조제1
항에서 “농지”라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용
지인 토지를 말한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 토지의 등기 당시 공부상 지목이 전이었고, 사
실상 이용현황도 전으로 사용되고 있었는데 처분청이 종합토지세 과세대장상의 지목이 잡종지인
것을 사유로 잡종지에 대한 등록세율을 적용하여 등록세를 추가로 부과고지한 처분이 부당하다고
주장하지만, 종합토지세 과세대장의 작성 절차를 보면 지방세법 제234조의22 제1항에서 시장 ·군
수는 관할구역 안의 종합토지세 과세대상 토지를 조사하여 매년 과세기준일(6.1)로부터 15일간의
기간을 정하여 이를 공람하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 공람한 종합토지세 과세대상
토지에 대하여 이의가 있는 자는 불복의 사유를 갖추어 공람기간이 종료된 날부터 10일 이내에
토지의 소재지를 관할하는 시장·군수에게 이의신청을 할 수 있도록 규정하고 있으며, 이러한 법
정절차에 따라 작성된 종합토지 세 과세대장상 이 사건 토지는 1995년부터 계속하여 지목을 잡종
지로 등재되어 종합토지세가 부과고지되어 온 사실과 청구인이 이 사건 토지를 취득한 이후에 이
에 대하여 아무런 이의를 제기하지 않은 점에 비추어, 청구인이 이 사건 부과처분을 받고서 구체
적인 증빙자료를 제시하지 않은 채 취득 등기당시 이 사건 토지가 전이었다고 주장하고 있는 것
을 그대로 받아들이기는어렵다 하겠으므로 처분청이 이 사건 토지에 대하여 종합토지세 과세대장
상의 지목에 따라 등록세를 추가로 부과고지한 처분은 아무런 잘못이 없다 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과
같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
