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토지수용에 따라 대체취득한 부동산의 비과세 여부
행자부 제2002-252호 2002. 6. 24
【주문】
청구인이 2001.11.27. 및 같은 해 12.24.에 처분청에 신고납부한 취득세 5,400,000원, 농어촌특별세
540,000원, 등록세 8,100,000원, 지방교육세 1,620,000원, 합계 15,660,000원을 취소한다.
【이유】
1. 원처분의 요지
청구인이 기존에 소유하고 있던 ○○광역시 ○○구 ○○동 6가 46-1번지외 1필지 토지 73.2m’와
그 지상건축물 326㎡(이하 “수용 부동산”이라 한다)가 도시계획사업인 ○○시 제2○○○○ 신축
부지로 수용됨에 따른 보상금과 관련하여 청구인은 사업시행자와 보상금 협의가 이루어지지 않음
에 따라 토지수용위원회에 재결신청을 하였다가 토지수용위원회에서 결정된 보상금의 수령을 거
부하고 행정소송을 제기하였고, 이에 따라 사업시행자는 2000.9.25. 보상금을 공탁하였으며, 처분청
은 청구인이 그 공탁일로부터 1년이 경과한 2001.11.26.에 ○○구 ○○동 3가 33-1번지 대지
133.7m’와 그 지상건축물 410.28㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한 데 대하여 대체
취득에 따른 취득세 비과세 대상에 해당되지 않는다고 보아 청구인이 이 사건 부동산의 취득가액
(270,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세
5,400,000원, 농어촌특별세 540,000원, 등록세 8,100,000원, 지방교육세 1,620,000원, 합계 15,660,000
원을 2ml.11.27. 및 같은 해 12.24.에 신고납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.
2. 청구의 취지 및 이유
청구인은 기존에 소유하고 있던 수용 부동산의 손실보상금에 대하여 토지수용위원회의 재결을 받
고 이에 불복하여 행정소송을 제기하였다가 소송이 진행되던 도중에 사업시행자와 협의하여 추가
로 금전을 지급받기로 하고 소를 취하하였는 바, 추가로 지급받은 보상금에 대하여 처분청은 당해
금액이 보상금에 해당되지 않는다고 주장하지만 토지 소유자의 입장에서는 수용과 관련하여 지급
받은 일체의 금전이 모두 보상금에 해당된다고 보아야 할 것으로서, 추가로 보상금을 받은 날로부
터 1년 이내에 취득한 이 사건 부동산은 지방세법 제109조제1항과 .제127조의2제2항의 규정에 의
하여 대체취득한 부동산으로서 취득세와 등록세 비과세 대상에 해당하는 데도, 처분청이 수용 부
동산에 대하여 사업시행자가 보상금을 공탁한 날을 마지막 보상금 수령일로 보아 그 날로부터 1
년이 경과하여 이 사건 부동산을 취득하였다는 사유로 취득세 등을 비과세하지 않은 것은 부당하
다고 주장하고 있다.
3. 우리부의 판단
이 사건 심사청구의 다툼은 토지수용에 따라 대체 취득한 부동산으로서 취득세 등 비과세 대상에
해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2001.12.29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제109조 제1항
과 제127조의2 제2항에서 토지수용법·도시계획법·도시개발법 등 관계법령의 규정에 의하여 토
지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(관광진흥법 제53조제1항의 규정에 의한 조성계획의
승인을 얻은 자 및 농어촌정비법 제33조의 규정에 의한 농어촌정비사업시행자를 포함한다)에게
부동산(선박·어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이조에서 “부동산등”이라 한다)이 매수 또는
수용되거나 철거된 자(공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 부
동산 등을 당해 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 동법 제8조의 규정에 의한 이주대책의 대상
이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 당해 사업인정고시일(관광진흥법에 의한 조성계획고시일
및 농어촌정비법에 의한 개발계획고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결
하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취
득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을, 토지수용법 제45조제5항의 규정에 의하여 보상금을
채권으로 지급받는 경우에는 채권상환기간만료일을 말한다)부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산
등을 취득한 때(건축중인 주거용 부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에
는 그 취득 등기에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하되, 새로 취득한 부동산등의 가액의 합계액
이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세와 등록세
를 부과한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인이 기존에 소유하고 있던 부동산이 도시계획사업인 ○○시
제2○○○○ 사업부지에·편입되어 수용되었고, 청구인과 사업시행자인 청구외 (주)○○○○ 및
(주)○○○○는 협의 취득을 위하여 보상금에 관한 협의를 하였으나 협의가 이루어지지 아니함에
따라 청구인은 ○○지방토지수용위원회에 재결신청을 하여 2000.8.25. 재결을 받고 다시 중앙토지
수용위원회에 이의신청을 하여 2001.3.15. 재결을 받은후 2001.4월경 토지수용 재결처분 취소 등의
소를 제기하여 소송이 진행되던 중 사업시행자와 기존에 결정된 보상금(415,079,000원)외에 추가로
21,142,000원을 지급받기로 합의하고 2001.11.1. 소를 취하한 후 다음 날 사업시행자가 2000.9.25.에
공탁한 보상금을 수령하고, 2001.11.24.과 같은 해11.27.에 추가로 지급받기로 한 금전을 수령하였
으며, 이 사건 부동산은 2001.11.27.에 취득한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에
대하여 청구인은 추가로 지급받은 보상금 수령일을 마지막 보상금 수령일로 보아야 하므로 이 사
건 부동산은 토지 수용 등에 따라 대체취득한 부동산으로서 취득세 등 비과세 대상에 해당된다고
주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 수용 부동산에 대한 보상금으로 토지수용위원회에서
결정된 금액에 불복이 있어 행정소송을 제기하였지만 그 후 행정소송을 취하함으로써 수용 부동
산과 관련하여 토지수용위원회에서 결정한 보상금이 확정되었다 하겠으므로 추가로 지급받은 금
전을 토지 등의 수용에 따른 보상금으로 인정하기는 어렵다 할 것으로서 추가로 지급받은 금전의
최종 수령일(2001.11.27.)을 마지막 보상금을 수령한 날로 볼 수는 없다 하겠지만, 토지수용법 제61
조제2항제1호의 규정에 의하여 사업시행자가 토지수용위원회가 재결한 토지수용보상금을 공탁한
경우에 그 공탁은 시행자가 토지소유자에 대하여 부담하는 토지수용에 따른 보상금 지급의무의
이행을 위한 것으로서 민법상 변제공탁과 그 성질이 다를 바 없으며, 변제공탁제도는 채무자가 공
탁의 목적물을 공탁소에 공탁함으로써 채무를 면하게 한 사실만으로 채권자인 청구인이 이를 수
령한 효과가 발생하였다고 볼 수는 없고, 토지 등의 수용에 따라 대체취득한 부동산에 대하여 취
득세와 등록세를 비과세하는 입법취지가 당사자의 의사가 아니라 법률의 규정에 의하여 토지 수
용이 이루어짐으로써 이로 인한 토지 소유자들의 손실을 보전하기 위하여 지급받은 보상금의 범
위내에서 새로이 부동산을 취득하는 경우 지방세 비과세 혜택을 부여하는 데 있는 것임을 고려할
때, 이 사건의 경우에 청구인이 보상금 수령을 거부하고 중앙토지수용위원회의 이의재결을 거쳐
행정소송을 제기하였다가 소를 취하하고 공탁된 보상금을 수령한 날을 마지막 보상금 수령일로
보아야 할 것으로서, 청구인이 공탁된 보상금을 수령한 날인 2001.11.2.로부터 1년 이내인
2001.11.26.에 취득한 이 사건 부동산은 토지 수용에 따른 대체취득 부동산으로서 취득세와 등록세
비과세 대상에 해당한다고 보아야 할 것인데도 처분청이 사업시행자가 보상금을 공탁한 날을 보
상금 수령일로 보아 이 사건 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하지 않은 것은 잘못이라
하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과
같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
