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토지를 취득하여 교회를 신축하던 도중 교회용 건축물의 건축허가를 건축주를 교회유지재단
으로 변경하여 건축물을 준공한 경우 토지를 교회가 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비
과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부
【결정요지】
교회 교육관의 부속토지에 대하여는 소유권도 이전하지 않은 채 교육관을 계속 사용하고 있
고, 교회와 교회유지재단의 관계가 재산권 행사나 종교활동 등에 있어서 확연히 구분되는
것이 아니라 현실적으로 교회는 교회유지재단을 구성하는 일부 내지는 구성원으로서의 역할
을 수행하고 있는 점에 비추어, 제3자에게 매각 또는 임대함으로서 종교용으로 사용하지 않
는 경우와는 달리 보아야 할 것이므로, 교육관의 건축허가 명의로 유지재단으로 변경하였다
하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라고 보아 취소로 결정
가. 원처분의 요지
처분청은 종교단체인 청구인이 1999. 7.17. 서울특별시 ○○구 ○○동 437-36번지 1필지 토
지 427.4㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득한 후 취득세 등을 비과세받고서 교회교육관
을 신축하던 도중 2001.1.9. 건축주 명의를 기독교○○교회유지재단으로 변경하고 교육관을
신축한 후 교육관으로 사용하고 있으나, 교육관의 소유자가 청구인이 아니므로 그 부속토지
인 이 사건토지를 청구인이 직접 사용하는 것으로 볼 수 없으므로 비과세한 취득세 등의 추
징대상에 해당된다고 보아, 이 사건 토지의 취득가액(620,000,000원)에 지방세법 제112조 제1
항 및 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,880,000원, 농어촌특별세
1,364,000원, 등록세 22,320,000원, 지방교육세 4,092,000원, 합계 42,656,000원(가산세 포함)을
2001.10. 10. 부과고지하였다.
나. 청구의 취지 및 이유
청구인은 청구 외 (재)○○교회유지재단(이하 "교회유지재단"이라 한다)에 소속된 교회로서
청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 그 지상에 교육관을 신축하다가 교회유지재단 명의로
건축주 명의변경을 하여 사용승인을 받고 교회유지재단 명의로 소유권 보존등기를 한 상태
로서, 청구인은 이 사건 토지상에 취득 목적대로 교육관을 신축하여 직접 사용하고 있으며,
종교재산 관리 목적상 이사건 토지상에 신축한 교육관을 교회유지재단에게 증여한 것에 불
과한데도, 처분청이 이 사건 토지를 직접 사용하지 아니하는 토지로 보아 비과세한 취득세
등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.
다. 우리부의 판단
이 사건 심사청구는 종교단체가 취득한 토지상에 교회 교육관을 신축한 후 교육관을 교회유
지재단에 증여하였으나, 증여 이후에도 계속하여 취득 목적대로 종교용으로 사용하고 있는
경우, 그 부속토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한
다툼이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항에서 제사·종교·자
선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사
업에 사용하기 위한 부동산의 취득등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하지만, 수익
사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하
지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각
하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하도록
규정하고 있고, 지방세법시행령 제79조 제1항제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
를 비영리사업자로 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1999.7.17. 이 사건 토지를 취득한 후 같은 해
10.21. 교육관을 신축하기 위하여 건축허가를 받고, 같은 해 12.14. 착공신고를 하고 건축공
사를 진행하다가, 건축공사가 마무리될 무렵인 2001.1.9 건축주를 교회유지재단 명의로 변경
신고를 하고, 같은 해 1.29. 교회유지재단 명의로 사용승인(지하2층, 지상 7층, 연면적
2,032.75㎡)을 받아 소유권 보존등기를 한 후 청구인이 이를 교육관으로 사용하고 있으며,
이 사건 토지에 대한 소유권 이전등기는 이루어지지 않은 사실을 제출된 관계 증빙자료에서
알 수 있다.
이에 대하여 살펴보면, 청구인은 교육관을 신축할 목적으로 이 사건토지를 취득한 후 교육
관을 신축하다가 건축공사가 완료될 무렵 건축주를 교회유지재단 명의로 변경하여 사용승인
을 받고 교회유지재단 명의로 소유권 보존등기를 하였으나, 교육관의 부속토지인 이 사건
토지에 대하여는 소유권 이전등기를 하지 않은 채 청구인이 교육관을 계속 사용하고 있으므
로 이 사건 토지를 종교용에 사용하지 아니하고 있다고 보기도 어렵다 하겠으며, 설령 이
사건 토지에 대한 소유권이 청구인과 같은 교파의 속하는 교회들의 재산의 유지 관리를 목
적으로 설립된 교회유지재단에게 이전되었다 하더라도, 청구인과 교회유지재단의 관계가 재
산권 행사나 종교활동 등에 있어서 확연히 구분되는 것이 아니라 현실적으로 청구인은 재단
법인을 구성하는 일부 내지는 구성원으로서의 역할을 수행하고 있는 점에 비추어, 당해 교
회가 취득한 부동산을 종교용으로 계속 사용하고 있다면, 종교단체가 부동산을 취득하여 제
3자에게 매각 또는 임대함으로서 종교용으로 사용하지 아니하게 된 경우와는 달리 봄이 타
당하다 하겠으므로(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제2001-465호, 2001.9.24.), 처분청이
이 사건 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여
주문과 같이 결정한다.
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> 판례,사례등 > 심사결정_20160717
