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[질의]
독점규제및공정거래에관한법률(이하 “공정거래법”)에 의한 지주회사를 설립하기 위하여
동법의 규정에 따라
① 법인의 설립등기를 하고
② 자회사의 주식 100%를 일시에 취득한 후,
③ 공정거래위원회(이하 “공정위”)에 신고를 하고자 합니다.
조세특례제한법 제120조제5항제8호에 의하면 “공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주
회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되는
경우”에는 과점주주 취득세 규정을 적용하지 않도록 하고 있는데, 상기 신설법인이 주식을
취득함으로써 과점주주가 되는 경우 공정거래위원회에 지주회사로 아직 신고가 되지 아니한
상황에서 과점주주 취득세를 면제받을 수 있는지에 대하여 다음과 같은 양설이 있음.
<갑설> 과점주주 취득세가 면제됨.
(이유) 주식을 취득하는 시점에 지주회사가 성립되지 않았어도(공정거래법상 주식을 취득한
후 공정위에 신고토록 되어 있고, 이 경우 지주회사의 성립시점은 주식취득이 있었던 당해
사업연도종료일의 다음 날이 되므로 주식을 취득하는 시점에서는 지주회사가 아님. 지주회
사 관련 규정에 대한 해석지침 참조) 주식을 취득하는 목적이 공정거래법에 의한 지주회사
를 설립하기 위함이었으므로 설립과 주식취득 그리고, 공정위신고가 일련의 연속적인 과정
이라고 인정된다면 그러한 주식취득은 상기 조세특례제한법 제120조의 규정(“지주회사가
되거나...”)을 적용받게 됨. 또한, 공정거래법시행령 제15조제1항제3호에 규정된 “지주회사
로의 전환”이 아닌 제1호에 규정된 “지주회사를 설립”하는 경우에 해당되기 위하여 설립
등기 이전에 주식을 취득한다 해도 지주회사의 성립시기는 설립등기일이므로 (지주회사 관
련 규정에 대한 해석지침 참조), 여전히 주식취득당시(설립등기일 이전)에는 지주회사로 인
정되지 않는 문제가 발생함. 따라서 상기 조세특례제한법 조문중의 ‘지주회사가 되거나’
의 취지를 살린다면 지주회사의 성립시점이 주식취득 이후에 도래한다고 하여도, 그 주식을
취득함으로써 지주회사가 되기 위한 조건을 충족시키므로, 상기 조세특례제한법 제120조의
규정을 적용 배제할 수 없는 것임.
<을설> 과점주주 취득세가 면제되지 아니함.
(이유) 공정거래법시행령 제15조제1항제1호에는 지주회사를 설립하는 경우의 신고의무를, 제
3호에는 다른 회사의 주식취득으로 인하여 지주회사로 전환하는 경우의 신고의무를 규정하
고 있음. 지주회사를 신설하고자 할 때 상기 법조항중 제1호를 적용받을지 혹은 제3호를 적
용받을지는 설립등기일 현재 지주회사의 요건을 갖추고 있었는지의 여부에 달려 있음. 즉,
지주회사의 요건을 갖춘 상태로 설립등기를 하는 경우에는 제1호 “지주회사의 설립”의 규
정을 적용받게 되고, 설립등기를 한 이후 자회사의 주식을 취득하는 등, 지주회사의 요건을
갖춘다면 제3호 “지주회사로의 전환”의 규정을 적용받게 됨.
상기 질의와 같이 설립등기를 한 후 주식을 취득하는 경우에는 공정거래법상 다른 회사의
주식취득으로 인하여 지주회사로 전환하는 경우에 해당되어 지주회사의 성립시점이 주식취
득이 있었던 당해 사업연도종료일의 다음 날이 됨. 따라서 주식을 취득하는 시점에는 지주
회사에 해당되지 않으므로 상기 조세특례제한법 제120조의 규정이 적용되지 않음.
<질의2>
공정거래법에 의한 지주회사를 설립하는 데 있어 질의 1에서와 절차를 달리하여
만약, ① 법인의 설립등기를 하고
② 1차로 자회사의 주식 50%만을 먼저 취득한 후(이로써 지주회사가 자산가액의 50% 이상
을 자회사의 주식으로 구성하여 공정거래법시행령 제2조 지주회사의 기준을 충족하였다고
가정을 함),
③ 공정위에 신고를 하고
④ 곧이어, 즉 최초 자회사의 주식 50%를 취득하는 시점과 동일한 사업연도에 2차로 자회
사의 잔여 주식 50%를 취득하여 과점주주가 될 경우, 상기 조세특례제한법 제120조제5항제
8호의 규정을 적용받아 과점주주 취득세를 면제받을 수 있는지요? 이에 대하여도 다음의 양
설이 있음.
<갑설> 과점주주 취득세가 면제됨.
(이유) 만약 질의 2에서 1차로 자회사의 주식 50%를 취득한 사업연도의 다음 사업연도에
잔여 주식 50%를 2차로 취득하여 과점주주가 된다면 지주회사가 성립하는 시점이 과점주주
가 되는 시점보다 앞서게 되어(지주회사의 성립시점이 1차로 주식을 취득한 사업연도종료일
의 다음 날이므로) 공정거래법상 지주회사인 상황에서 과점주주가 되는 것이므로, 조세특례
제한법 제120조제5항제8호 “지주회사가 공정거래법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써
과점주주가 되는 경우”에 해당되므로 과점주주 취득세를 면제받을 수 있음은 자명할 것임.
질의 2의 경우에는 2차 주식 취득시점과 1차 주식 취득시점이 동일한 사업연도이므로 과점
주주가 되는 시점이 공정거래법상 지주회사의 성립시점 이전이기는 하나, 공정거래법시행령
제2조 지주회사의 기준을 충족한 상황에서 과점주주가 되는 것이므로, 이 경우 상기 조세특
례제한법 제120조 규정의 “지주회사가 자회사의 주식을 취득함으로써 과점주주가 되는 경
우”로 해석될 수 있는 것임.
<을설> 과점주주 취득세가 면제되지 아니함.
(이유) 질의 2에서 과점주주가 되는 시점은 질의 1에서와 같이 여전히 공정거래법상 지주회
사의 성립시점 이전이므로 상기 조세특례제한법 제120조의 규정이 적용되지 아니함.
[회신] 세정 13407-400(2001.10.8)
1. 조세특례제한법 제120조제5항 및 제8호에서 “독점규제및공정거래에관한법률에 의한 지
주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한
자회사의 주식을 취득하는 경우”로 인하여 지방세법 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주
에 해당되는 경우, 당해 과점주주에 대하여는 동법 제105조제6항의 규정을 적용하지 아니한
다고 규정하고 있는바
2. 지주회사가 조세특례제한법 제120조제5항제8호의 규정에 의하여 취득세를 면제받기 위해
서는 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 시점에 지주회사에 해당되지 아니한 경우에는
취득세 납세의무가 있음.
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